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[其他] EBI数据库批量下载SRA文件报错??求问如何解决?

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发表于 2022-4-12 11:28:57 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 zhuzhipeng 于 2022-4-12 11:37 编辑

如题,求求各位大佬解答!一个一个下太慢了!!!
当我试图从EBI数据库批量下载文件的时候会报错,while read do和for in循环都试过但是还是会报错,报错内容如下:

(rna) zzp iZbp1bobbrx34h089ipwkbZ 11:23:22 ~
$ cat id.txt|while read id;
> do
> ascp -QT -l 500m -P33001 -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk$id ./
> done

Session Stop  (Error: Server aborted session: No such file or directory)

Session Stop  (Error: Server aborted session: No such file or directory)

Session Stop  (Error: Server aborted session: No such file or directory)

Session Stop  (Error: Server aborted session: No such file or directory)


id.txt里面格式是这样的:
vol1/srr/SRR115/029/SRR11509929
vol1/srr/SRR115/030/SRR11509930
vol1/srr/SRR115/031/SRR11509931

命令如下:

cat id.txt|while read id;
do
ascp -QT -l 500m -P33001 -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk$id ./
done




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发表于 2022-4-13 17:00:39 | 显示全部楼层
##使用 ascp批量下载SRR_Download_List下的sra文件:

ascp  -v -QT -l 400m -P33001 -k1 -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh  --mode recv --host ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov --user anonftp --file-list SRR_Download_List  ~/rawdata/ascp/
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 楼主| 发表于 2022-4-13 23:56:45 | 显示全部楼层
你好,这个是从ncbi的连接下载的,但是也报错,不知道你是否也有类似的情况
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