VCF中LC计算

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请教下论坛里的各位大神，vcf中LC (locus coverage)知道怎么计算吗？我看到我的结果里，用samtools depth算出来的是0，vcf里给到的locus coverage是17.03，搞不懂？

yanxu

VCF文件直接可以查看   AD 和 DP：AD(Allele Depth)为sample中每一种allele的reads覆盖度,在diploid中则是用逗号分割的两个值，前者对应ref基因型，后者对应variant基因型； DP（Depth）为sample中该位点的覆盖度。