短核酸序列，两端已知，中间碱基缺失，如何处理去做注释

Backwash · 发表于 2023-3-2 21:31:37

基本情况：简化基因组测序SLAF-seq，片段长度450-480bp，双端测序（读长126x2bp）聚类拼合，中间10个“XXXXXXXXXX”表示扣除长度在198-228bp之间的未知碱基。C:\Users\13243\Desktop
求问：该如何处理这样的核酸序列，然后下一步做注释？？？

Backwash · 发表于 2023-3-2 21:46:21

CCTCGTTATGCGTCAGCTACTACCGACTAATTGTTCTGTTACGCCTCGTTAGGCGTCAGCTACTACCGACTAATTGCACTGTTACGCCTCGTTAGGCGTCAGCTACTACAGAATAATTGTTCTGTTXXXXXXXXXXCGTTAGGCGTCAGCTACTACCGACTAATTGAACTGTTACGCCTCGTTAGGCGTCAGCTACTACCGACTAATTGTTCTGTTACGCCTCGTTAGGCGTCAGCTACTACCGACTAATTGTTCTGTTAGG
例子如上，中间含有10个“X”

zd200572 · 发表于 2023-3-3 13:01:04

有没有直接注释看看这10个X影响不影响

		自动登录	找回密码
密码			立即注册

[function-annotation] 短核酸序列，两端已知，中间碱基缺失，如何处理去做注释