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perl脚本将phred64的fq文件转成phred33

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发表于 2017-2-6 17:13:00 | 显示全部楼层 |阅读模式
这是个即写即用的小程序,只是运用了ord和chr这两个函数。
[Perl] 纯文本查看 复制代码
#!usr/bin/perl -w
use strict;
my $fq=shift;
my $asc=shift;
open IN,"$fq" or die $!;
open OUT,"> $asc" or die $!;
$/="@";
<IN>;
while (<IN>){
        chomp;
        my @line=split /\n/ ,$_;
        my @val=split//,$line[3];
        my (@asc,$ab);
        foreach my $val(@val){
                my $asc=ord($val)-31;
                my $str=chr($asc);
                $ab.="$str";
        }
print OUT "\@$line[0]\n$line[1]\n$line[2]\n$ab\n";
}
close IN;
close OUT;


注:$fq是输入的fq文件,$asc是输出文件,我喜欢乱起名



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发表于 2017-2-8 14:21:31 | 显示全部楼层
看惯了Python的代码后,觉得Perl的大部分代码读起来就像吃面条的时候面条都绕成一团了~~~

为啥回个帖子即需要验证问答,还需要验证码~~~

严重降低随手回帖的意愿
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 楼主| 发表于 2017-2-10 16:18:41 | 显示全部楼层
cgcs 发表于 2017-2-8 14:21
看惯了Python的代码后,觉得Perl的大部分代码读起来就像吃面条的时候面条都绕成一团了~~~

为啥回个帖子 ...

哈哈,回个帖子不容易。这个可能是我写程序的问题,写的比较啰嗦吧,这个本来就是个很简单的随写随用的小程序,群里有人问这个问题了,所以才发在这里的,实在有点献丑
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发表于 2017-3-4 17:28:37 | 显示全部楼层
在哪些情况下需要转换质量得分计算方式?
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