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生物质谱数据的数据库查询

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发表于 2017-2-7 13:18:18 | 显示全部楼层 |阅读模式
生物质谱数据的数据库查询工具:
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§ProteinDiscoverer
§ProteinPilot
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§ProteinProspector
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数据库鉴定步骤:肽段分子->质谱采集->MS2->质谱图谱->匹配->理论图谱->蛋白质数据库。
在基于质谱技术的蛋白质组学研究中,有两种基本的实验策略:自底向上策略(Bottom-up)和自顶向下策略(Top-down)。
液相色谱法(LC)是作为一种替代2一DE的蛋白质分析方法而出现的。LC一MS分析是典型的“自下而上(Bottom一up)”分析方法,通常要用特异的蛋白酶(如胰蛋白酶)将蛋白质消化为肽段。与2一DE不同,LC一MS对肽的定量和鉴定是同时进行的,可以选择定量的MS峰(m/z)用于鉴定,通过肽段的信息推测对应蛋白质的定量信息。
自顶向下策略是以蛋白质分子整体作为分析对象,通过蛋白质的肽质量指纹(peptide mass fingerprinting,PMF)对蛋白进行鉴定的方法。为了有效地克服质量简并的现象,减少搜索目标的范围,一般选择高精度和高分辨率的质谱,如傅里叶变换离子回旋共振质谱仪(2ppm,50000)。该策略具有较高的序列覆盖度和翻译后修饰特征的保持,适合于翻译后修饰及特殊的蛋白质异构体的分析。不足的是,(1)实验样品蛋白质需要高度纯化;(2)在目前的实验条件下,较难分析大分子量的蛋白质。
自底向上策略,称之为鸟枪法,是利用串联质谱数据,即肽碎片指纹(peptide fragment fingerprinting,PFF)来鉴定肽段序列,然后再推断组装样品中包含的蛋白质, 是常用的高通量分析策略。由于肽碎片携有呈几何增长的组合信息,可以消除质量简并之忧,对质谱的质量分辨率要求不高,多用于对复杂样品的混合物进行高通量分析。下图为质谱中肽段酶解:
质谱平台及常用实验流程:

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