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[assembly] linux 里运用 pair-end read merger (PEAR)遇到的问题

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发表于 2017-2-9 12:24:07 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 liusan 于 2017-2-9 14:50 编辑

大家好,我有两个问题,1,我在bio-linux里跑PEAR时遇错:写完command,按回车,在目的文件夹里没有结果包出现,在terminal里也没有报错信息。我很困惑这是为什么?2,我之前曾经安装过不同版本的PEAR (来源不同的网站),请问我是不是应该先卸载之前安装的版本,只保留一个?


非常感谢前辈们的帮助!

PS我把bio-linux terminal的截图发上来了
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问题追加:
为什么下面的命令第一个跑不起来,第二个才能跑起来?:
1: qiime > pear –f extracted_ASeq-3_I1I2R1/barcodes.fastq.gz –r ASeq-3_S1_R2.fastq.gz –o pear_assembled_ASeq-3_I1I2R1R2


2: qiime > pear -f /home/manager/Downloads/extracted_ASeq-3_I1I2R1/barcodes.fastq.gz -r /home/manager/Downloads/ASeq-3_S1_R2.fastq.gz -o pear_assembled_ASeq-3_I1I2R1R2

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发表于 2017-2-10 09:17:54 | 显示全部楼层
你的第一个错误的原因是因为你没有用全路径,你去看我的博客,所有的东西都是用全路径的!
你这个问题很复杂,需要打赏,请点击 http://www.bio-info-trainee.com/donate 进行打赏,谢谢
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 楼主| 发表于 2017-2-10 15:49:27 | 显示全部楼层
Jimmy 发表于 2017-2-10 09:17
你的第一个错误的原因是因为你没有用全路径,你去看我的博客,所有的东西都是用全路径的! ...

谢谢Jimmy斑竹指点!
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