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[linux] 使用Bioconda管理Linux系统中的生物信息软件

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发表于 2017-2-9 15:26:06 | 显示全部楼层 |阅读模式
使用Bioconda管理Linux系统中的生物信息软件作者:青山屋主
链接:https://zhuanlan.zhihu.com/p/25085567
来源:知乎
著作权归作者所有。商业转载请联系作者获得授权,非商业转载请注明出处。

生物信息操作中必不可少的就是Linux系统中各种生物信息学软件的安装。不同软件有不同的安装方法,对系统环境的依赖不同也不同,对于新手来说,经常是一个软件的安装和配置就要折腾很长一段时间时间,大大增加了学习成本。
我自己有两个方法来尽量减少安装软件所消耗的时间:一是直接安装Bio-linux系统,这个系统已经内置了大部分生物信息分析所需要的软件,非常适合新手直接学习分析技术,绕过软件安装和环境配置的麻烦问题。二是使用Bioconda安装和管理各种软件。Bio-linux系统和常用的服务器系统还是有差别的,如果想在学习生物信息分析的同时掌握一些Linux系统的操作甚至维护的技术,配置一台CentOS系统的计算机就很有必要了。这个时候Bioconda就非常有用了。
本文参考知乎专栏以及基因课相关课程(http://genek.tv/dirlist/index/id/65)对Bioconda的安装和使用做简单介绍。
Bioconda介绍
Bioconda是conda上一个分发生物信息的频道。而conda是最初为管理python包而建立的。以下是相关介绍:
“Conda is a portable package manager primarily for python and precompiled binaries. Miniconda is the base system of conda. It includes a standard python and a few required dependencies such as readline and sqlite. In conda, a channel contains a set of software typically managed by the same group.Bioconda is a channel of conda focusing on bioinformatics software. ”

anaconda、miniconda和conda的区别:FAQs - Bioconda documentation
简单说来:“conda is a package manager, Miniconda is the conda installer, and Anaconda is a scientific Python distribution that also includes conda.”
Bioconda的优点是安装简单,各个软件依赖的环境一同打包且相互隔离,非常适合在服务器中建立自己的生物信息分析环境。

作者:青山屋主
链接:https://zhuanlan.zhihu.com/p/25085567
来源:知乎
著作权归作者所有。商业转载请联系作者获得授权,非商业转载请注明出处。

Bioconda的下载与安装
1.下载和安装miniconda
bioconda的使用首先需要安装miniconda[。选择linux的64位的python2.7版本(共提供win、Mac、linux三种系统,同时支持python3和python2),直接点击下载。或者复制链接后,用wget下载。
wget https://repo.continuum.io/minico ... est-Linux-x86_64.sh
下载完成后,在终端键入bash命令进行安装:
bash Miniconda-latest-Linux-x86_64.sh
之后按照提示点击回车,输入要安装的位置,或者输入yes
输入yes后,还没有完成最后安装,还需要source一下:
source ~/.bashrc
这时miniconda就安装好了,输入“conda”会显示相应的信息:
输入“conda list”来查看已经安装的软件:
2.添加channels
conda config --add channels conda-forgeconda config --add channels defaultsconda config --add channels rconda config --add channels bioconda
查看已经添加的channels:
conda config --get channels
3.更新miniconda
conda update conda
4.卸载miniconda
删除miniconda的整个文件夹:
rm -rf ~/miniconda
从环境变量中去掉miniconda:打开~/.bash_profile文件,删掉其中miniconda的路径,关闭并保存
删除隐藏的.condarc 、.conda以及.continuum文件
利用Bioconda安装生物信息软件
要通过conda安装软件,首先从这里(Available packages)查找该软件是否被conda支持。如果支持,只需输入以下命令即可安装:
conda install fastqc(软件名)
安装完成后,可以用“which 软件名”来查看该软件安装的位置:
或者再次查看已安装软件列表“conda list”
conda默认安装软件的最新版本,如果想安装指定版本的某个软件,可以先用“conda search 软件名”搜索软件版本
星号标记的表示是已经安装的版本。要安装其他版本,输入:
conda install 软件名=版本号
这时conda会先卸载已安装版本,然后重新安装指定版本。
利用conda更新和卸载软件
查看已安装软件:
conda list
更新指定软件:
conda update 软件名
卸载指定软件:
conda remove 软件名






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发表于 2017-2-10 09:18:41 | 显示全部楼层
赞~
你这个问题很复杂,需要打赏,请点击 http://www.bio-info-trainee.com/donate 进行打赏,谢谢
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