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找一个乳腺癌里面表达上调的基因,然后看看其它所有基因

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发表于 2017-2-12 22:10:52 | 显示全部楼层 |阅读模式
找一个乳腺癌里面表达上调的基因,然后看看其它所有基因的表达量跟它的相关性,就是一篇文章啦!
http://cancerres.aacrjournals.or ... pplement/3791.short
当然,是有点简单了!哦哦哦哦,错了,是非常简单!
TCGA数据库里面现在有1019 invasive breast cancers 样本的(RNA Seq V2 RSEM)表达数据。
这些乳腺癌症的分型是:738 ER+, 215 ER-, 643 PR+, 307 PR-, 149 HER2+, 508 HER2-, 102 TNBC

所以分析超级简单咯:
PGRMC1 expression was compared between all groups and plotted according to subtype.
mRNA expression was tested for correlation with 20,531 genes and 461 genes correlating with PGRMC1 (Pearson r>0.25, p<10−15) within tumor samples were identified.
A heatmap of expression levels for the top positively and negatively correlated genes was generated.
These were then analyzed for enrichment of pathways, functions, networks, and upstream regulators using Ingenuity Pathway Analysis.


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 楼主| 发表于 2017-2-12 22:53:27 | 显示全部楼层
Most studies divide breast cancer into four major molecular subtypes:

Luminal A
Luminal B
Triple negative/basal-like
HER2 type
具体每一个类型详细介绍:http://ww5.komen.org/BreastCancer/SubtypesofBreastCancer.html


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发表于 2017-3-7 17:20:18 | 显示全部楼层
Jimmy 这篇文章下不下来呀,你有没有呀!跪求
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发表于 2017-3-19 21:12:17 | 显示全部楼层
tangtang 发表于 2017-3-7 17:20
Jimmy 这篇文章下不下来呀,你有没有呀!跪求

到researchgate上request full-text啦
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发表于 2017-4-9 11:33:04 | 显示全部楼层
尚目目 发表于 2017-3-19 21:12
到researchgate上request full-text啦

还是没找到哎,您可以告诉我这篇全文的PMID么~谢谢啦
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发表于 2017-4-9 15:46:21 | 显示全部楼层
请教楼主:
“In total, data was available from 1019 invasive breast cancers: 738 ER+, 215 ER-, 643 PR+, 307 PR-, 149 HER2+, 508 HER2-, 102 TNBC. PGRMC1 expression was compared between all groups and plotted according to subtype”
不大懂如何在所有组中比较PGRMC1表达?
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发表于 2017-4-10 13:30:30 | 显示全部楼层
Noor 发表于 2017-4-9 11:33
还是没找到哎,您可以告诉我这篇全文的PMID么~谢谢啦

researchgate是个网站,你可以在那儿向作者所要全文。
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