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生信编程直播第7题:批量从NCBI下载数据(shell)

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发表于 2017-2-14 21:15:13 | 显示全部楼层 |阅读模式
首先进入https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/genomes/13563 可以找到Mycobacterium相关的180个记录,现在需要批量下载每一个记录的4个数据:
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gen ... _assembly_id=305879
Mycobacterium sp. AB308
Download sequences in FASTA format for genome, protein
Download genome annotation in GFF, GenBank format
BLAST against Mycobacterium genome, protein
All 180 genomes for species:
Browse the list

我观察了几个页面,进去简单看了一下那些下载链接,发现都是ftp,只是不知道ftp地址而已
我已经录制了视频,信息讲解,我是如何观察到的!
回到搜索界面,真心非常简单,里面有所以菌株的列表信息:
找到那个download table的控件点击即可!
这样就可以拿到里面的ftp列表!
再把自己的180个匹配从来,cut有ftp地址的那一列
拿到ftp地址如下:
[AppleScript] 纯文本查看 复制代码
ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/000/015/405/GCA_000015405.1_ASM1540v1
[url=ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/000/620/625/GCA_000620625.1_ASM62062v1]ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genom ... 620625.1_ASM62062v1[/url]
[url=ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/000/972/925/GCA_000972925.1_ASM97292v1]ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genom ... 972925.1_ASM97292v1[/url]
[url=ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/001/021/385/GCA_001021385.1_ASM102138v1]ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genom ... 21385.1_ASM102138v1[/url]
[url=ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/000/328/565/GCA_000328565.1_ASM32856v1]ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genom ... 328565.1_ASM32856v1[/url]
[url=ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/001/426/545/GCA_001426545.1_Root135]ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genom ... 001426545.1_Root135[/url]
[url=ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/001/428/895/GCA_001428895.1_Root265]ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genom ... 001428895.1_Root265[/url]
[url=ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/001/494/595/GCA_001494595.1_Mycobacterium_massilipolynesiensis]ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genom ... assilipolynesiensis[/url]
[url=ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/001/499/855/GCA_001499855.1_ASM149985v1]ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genom ... 99855.1_ASM149985v1[/url]
[url=ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/001/499/915/GCA_001499915.1_ASM149991v1]ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genom ... 99915.1_ASM149991v1[/url]
[url=ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/000/373/905/GCA_000373905.1_ASM37390v1]ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genom ... 373905.1_ASM37390v1[/url]
[url=ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/000/014/165/GCA_000014165.1_ASM1416v1]ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genom ... 0014165.1_ASM1416v1[/url]
[url=ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/000/016/005/GCA_000016005.1_ASM1600v1]ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genom ... 0016005.1_ASM1600v1[/url]
[url=ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/000/262/165/GCA_000262165.1_ASM26216v1]ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genom ... 262165.1_ASM26216v1[/url]
[url=ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/000/416/365/GCA_000416365.2_ASM41636v2]ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genom ... 416365.2_ASM41636v2[/url]
[url=ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/001/580/405/GCA_001580405.1_ASM158040v1]ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genom ... 80405.1_ASM158040v1[/url]
[url=ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/001/611/855/GCA_001611855.1_ASM161185v1]ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genom ... 11855.1_ASM161185v1[/url]
[url=ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/001/644/575/GCA_001644575.1_ASM164457v1]ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genom ... 44575.1_ASM164457v1[/url]
[url=ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/001/695/755/GCA_001695755.1_ASM169575v1]ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genom ... 95755.1_ASM169575v1[/url]
[url=ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/001/886/515/GCA_001886515.1_ASM188651v1]ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genom ... 86515.1_ASM188651v1[/url]
[url=ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/001/984/215/GCA_001984215.1_ASM198421v1]ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genom ... 84215.1_ASM198421v1[/url]
[url=ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/000/364/405/GCA_000364405.1_ASM36440v1]ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genom ... 364405.1_ASM36440v1[/url]
[url=ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/000/382/405/GCA_000382405.1_ASM38240v1]ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genom ... 382405.1_ASM38240v1[/url]
[url=ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/000/383/495/GCA_000383495.1_ASM38349v1]ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genom ... 383495.1_ASM38349v1[/url]
[url=ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/000/426/065/GCA_000426065.1_ASM42606v1]ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genom ... 426065.1_ASM42606v1[/url]
[url=ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/000/686/745/GCA_000686745.1_ASM68674v1]ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genom ... 686745.1_ASM68674v1[/url]
[url=ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/000/709/305/GCA_000709305.1_Myco_sp_TKK-01-0059_V2]ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genom ... o_sp_TKK-01-0059_V2[/url]
[url=ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/000/746/215/GCA_000746215.1_ASM74621v1]ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genom ... 746215.1_ASM74621v1[/url]
[url=ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/001/428/285/GCA_001428285.1_Soil538]ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genom ... 001428285.1_Soil538[/url]
[url=ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/900/157/375/GCA_900157375.1_PRJEB19165]ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genom ... 157375.1_PRJEB19165[/url]
[url=ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/900/157/385/GCA_900157385.1_PRJEB19184]ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genom ... 157385.1_PRJEB19184[/url]
[url=ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/000/416/385/GCA_000416385.1_M6May]ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genom ... A_000416385.1_M6May[/url]
[url=ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/000/419/295/GCA_000419295.1_SP]ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genom ... /GCA_000419295.1_SP[/url]
[url=ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/000/455/125/GCA_000455125.1_Mycobacterium_sp_UM_WGJ]ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genom ... bacterium_sp_UM_WGJ[/url]
[url=ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/000/455/185/GCA_000455185.1_Mycobacterium_sp_UM_RHS]ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genom ... bacterium_sp_UM_RHS[/url]
[url=ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/000/455/205/GCA_000455205.1_Mycobacterium_sp_UM_CSW]ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genom ... bacterium_sp_UM_CSW[/url]
[url=ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/000/523/635/GCA_000523635.1_ASM52363v1]ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genom ... 523635.1_ASM52363v1[/url]
[url=ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/000/523/975/GCA_000523975.1_ASM52397v1]ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genom ... 523975.1_ASM52397v1[/url]
[url=ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/000/972/905/GCA_000972905.1_ASM97290v1]ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genom ... 972905.1_ASM97290v1[/url]
[url=ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/000/972/915/GCA_000972915.1_ASM97291v1]ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genom ... 972915.1_ASM97291v1[/url]
[url=ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/000/972/935/GCA_000972935.1_ASM97293v1]ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genom ... 972935.1_ASM97293v1[/url]
[url=ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/001/414/075/GCA_001414075.1_ASM141407v1]ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genom ... 14075.1_ASM141407v1[/url]
[url=ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/001/414/095/GCA_001414095.1_ASM141409v1]ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genom ... 14095.1_ASM141409v1[/url]
[url=ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/001/440/005/GCA_001440005.1_ASM144000v1]ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genom ... 40005.1_ASM144000v1[/url]
[url=ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/001/440/085/GCA_001440085.1_ASM144008v1]ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genom ... 40085.1_ASM144008v1[/url]
[url=ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/001/440/105/GCA_001440105.1_ASM144010v1]ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genom ... 40105.1_ASM144010v1[/url]
[url=ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/001/440/125/GCA_001440125.1_ASM144012v1]ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genom ... 40125.1_ASM144012v1[/url]
[url=ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/001/440/135/GCA_001440135.1_ASM144013v1]ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genom ... 40135.1_ASM144013v1[/url]
[url=ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/001/440/155/GCA_001440155.1_ASM144015v1]ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genom ... 40155.1_ASM144015v1[/url]
[url=ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/001/440/185/GCA_001440185.1_ASM144018v1]ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genom ... 40185.1_ASM144018v1[/url]
[url=ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/001/440/205/GCA_001440205.1_ASM144020v1]ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genom ... 40205.1_ASM144020v1[/url]
[url=ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/001/440/225/GCA_001440225.1_ASM144022v1]ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genom ... 40225.1_ASM144022v1[/url]
[url=ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/001/440/245/GCA_001440245.1_ASM144024v1]ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genom ... 40245.1_ASM144024v1[/url]
[url=ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/001/440/265/GCA_001440265.1_ASM144026v1]ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genom ... 40265.1_ASM144026v1[/url]
[url=ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/001/440/275/GCA_001440275.1_ASM144027v1]ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genom ... 40275.1_ASM144027v1[/url]
[url=ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/001/440/305/GCA_001440305.1_ASM144030v1]ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genom ... 40305.1_ASM144030v1[/url]
[url=ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/001/499/825/GCA_001499825.1_ASM149982v1]ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genom ... 99825.1_ASM149982v1[/url]
[url=ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/001/499/835/GCA_001499835.1_ASM149983v1]ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genom ... 99835.1_ASM149983v1[/url]
[url=ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/001/499/845/GCA_001499845.1_ASM149984v1]ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genom ... 99845.1_ASM149984v1[/url]
[url=ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/001/499/905/GCA_001499905.1_ASM149990v1]ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genom ... 99905.1_ASM149990v1[/url]
[url=ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/001/499/925/GCA_001499925.1_ASM149992v1]ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genom ... 99925.1_ASM149992v1[/url]
[url=ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/001/499/965/GCA_001499965.1_ASM149996v1]ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genom ... 99965.1_ASM149996v1[/url]
[url=ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/001/499/985/GCA_001499985.1_ASM149998v1]ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genom ... 99985.1_ASM149998v1[/url]
[url=ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/001/499/995/GCA_001499995.1_ASM149999v1]ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genom ... 99995.1_ASM149999v1[/url]
[url=ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/001/500/025/GCA_001500025.1_ASM150002v1]ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genom ... 00025.1_ASM150002v1[/url]
[url=ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/001/500/045/GCA_001500045.1_ASM150004v1]ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genom ... 00045.1_ASM150004v1[/url]
[url=ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/001/500/065/GCA_001500065.1_ASM150006v1]ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genom ... 00065.1_ASM150006v1[/url]
[url=ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/001/500/085/GCA_001500085.1_ASM150008v1]ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genom ... 00085.1_ASM150008v1[/url]
[url=ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/001/500/105/GCA_001500105.1_ASM150010v1]ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genom ... 00105.1_ASM150010v1[/url]
[url=ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/001/500/125/GCA_001500125.1_ASM150012v1]ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genom ... 00125.1_ASM150012v1[/url]
[url=ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/001/500/145/GCA_001500145.1_ASM150014v1]ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genom ... 00145.1_ASM150014v1[/url]
[url=ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/001/545/925/GCA_001545925.1_ASM154592v1]ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genom ... 45925.1_ASM154592v1[/url]
[url=ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/001/665/235/GCA_001665235.1_ASM166523v1]ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genom ... 65235.1_ASM166523v1[/url]
[url=ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/001/665/255/GCA_001665255.1_ASM166525v1]ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genom ... 65255.1_ASM166525v1[/url]
[url=ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/001/665/295/GCA_001665295.1_ASM166529v1]ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genom ... 65295.1_ASM166529v1[/url]
[url=ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/001/665/365/GCA_001665365.1_ASM166536v1]ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genom ... 65365.1_ASM166536v1[/url]
[url=ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/001/665/395/GCA_001665395.1_ASM166539v1]ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genom ... 65395.1_ASM166539v1[/url]
[url=ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/001/665/535/GCA_001665535.1_ASM166553v1]ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genom ... 65535.1_ASM166553v1[/url]
[url=ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/001/665/575/GCA_001665575.1_ASM166557v1]ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genom ... 65575.1_ASM166557v1[/url]
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[url=ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/001/954/215/GCA_001954215.1_ASM195421v1]ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genom ... 54215.1_ASM195421v1[/url]
[url=ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/001/954/275/GCA_001954275.1_ASM195427v1]ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genom ... 54275.1_ASM195427v1[/url]
[url=ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/900/157/365/GCA_900157365.1_PRJEB19151]ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genom ... 157365.1_PRJEB19151[/url]
[url=ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/000/455/145/GCA_000455145.1_Mycobacterium_sp_UM_WWY]ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genom ... bacterium_sp_UM_WWY[/url]
[url=ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/000/744/355/GCA_000744355.1_ASM74435v1]ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genom ... 744355.1_ASM74435v1[/url]
[url=ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/000/987/455/GCA_000987455.1_ASM98745v1]ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genom ... 987455.1_ASM98745v1[/url]
[url=ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/001/756/795/GCA_001756795.1_ASM175679v1]ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genom ... 56795.1_ASM175679v1[/url]
[url=ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/001/835/505/GCA_001835505.1_ASM183550v1]ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genom ... 35505.1_ASM183550v1[/url]
[url=ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/001/835/515/GCA_001835515.1_ASM183551v1]ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genom ... 35515.1_ASM183551v1[/url]
[url=ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/001/835/525/GCA_001835525.1_ASM183552v1]ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genom ... 35525.1_ASM183552v1[/url]
[url=ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/001/835/535/GCA_001835535.1_ASM183553v1]ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genom ... 35535.1_ASM183553v1[/url]
[url=ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/001/854/525/GCA_001854525.1_ASM185452v1]ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genom ... 54525.1_ASM185452v1[/url]
[url=ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/001/050/035/GCA_001050035.1_Mycobacterium_komanii_GPK_1020]ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genom ... um_komanii_GPK_1020[/url]
[url=ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/900/100/615/GCA_900100615.1_IMG-taxon_2593339259_annotated_assembly]ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genom ... _annotated_assembly[/url]
[url=ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/900/101/555/GCA_900101555.1_IMG-taxon_2639762559_annotated_assembly]ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genom ... _annotated_assembly[/url]
[url=ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/900/107/555/GCA_900107555.1_IMG-taxon_2636416058_annotated_assembly]ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genom ... _annotated_assembly[/url]
[url=ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/900/110/825/GCA_900110825.1_IMG-taxon_2642422555_annotated_assembly]ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genom ... _annotated_assembly[/url]
[url=ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/900/113/075/GCA_900113075.1_IMG-taxon_2639762525_annotated_assembly]ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genom ... _annotated_assembly[/url]


然后写一个shell脚本即可:

[Shell] 纯文本查看 复制代码
cat ftp.list |while read id; do wget -c -r -np -k -L -p  -nd -A.fna.gz $id;done
cat ftp.list |while read id; do wget -c -r -np -k -L -p  -nd -A.gff.gz $id;done
cat ftp.list |while read id; do wget -c -r -np -k -L -p  -nd -A.gbff.gz $id;done
cat ftp.list |while read id; do wget -c -r -np -k -L -p  -nd -A.faa.gz $id;done


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 楼主| 发表于 2017-2-14 21:20:13 | 显示全部楼层
当然,你肯是有linux服务器咯
如果没有,需要在windows电脑里面安装git软件,再安装wget命令。
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 楼主| 发表于 2017-2-14 21:22:53 | 显示全部楼层
其实rentrez package ,https://cran.r-project.org/web/p ... ntrez_tutorial.html 学一下,就几个函数,调整参数就可以完成
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发表于 2017-9-27 21:59:23 | 显示全部楼层
每次下基因组 直接wget ftp.../* 几个文件都下载下来,
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