enhancer数据库大全

Jimmy · 发表于 2017-2-15 21:50:14

简单的来说，enhance如下图所示；

复杂的统计学方法也有：
ChromHMM ( 12 ), Segway ( 13 ), RFECS ( 14 ), DEEP ( 15 ), CSI-ANN ( 16 ), EnhancerFinder ( 17 ), kmer-SVM ( 18 , 19 ) and ChroModule ( 20 )

Jimmy · 发表于 2017-2-15 21:52:49

首先看DENdb数据咯；
https://academic.oup.com/databas ... ted-human-enhancers

Jimmy · 发表于 2017-2-15 21:53:15

然后看EnhancerAtlas，名字很霸气，但是数据量不多。http://enhanceratlas.org/

Jimmy · 发表于 2017-2-15 21:54:21

接着是 dbSUPER is the first integrated and interactive database of super-enhancers, which contains 82234 super-enhancers in 102 human and 25 mouse tissue/cell types.

Jimmy · 发表于 2017-2-15 21:56:44

nature专题有提到；http://www.nature.com/encode/thr ... nd-characterization

xiangyu · 发表于 2017-2-16 23:02:58

FANTOM5数据库里面现在也有很多各物种各细胞的enhancer的数据，最近看到一个用CAGE tags方法检测到的transcribed enhancer,有点迷惑，为什么这么关注表达转录的enhancer呢？为什么不把这些认为是noncoding RNA呢？请群主多多指点！谢谢！

hwoihann · 发表于 2017-9-15 20:35:32

第一幅图里的promoter啥意思

		自动登录	找回密码
密码			立即注册