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表达芯片数据预处理四部曲-N,T,B,Q(normalization,transformation,bac...

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发表于 2017-2-16 10:11:22 | 显示全部楼层 |阅读模式
如果得到了一个可靠的表达矩阵,那么后续的一切分析都不是事,非常简单,分分钟做几百个差异分析,富集分析。
但是,如果保证你的表达矩阵是可靠的呢?
毕竟一般人也就是从GEO里面直接下载作者处理好的表达矩阵了,你敢确定人家做的是对的?
稍微懂一点的也许会下载affymetrix或者illumina芯片的原始文件,比如cel格式的等等,自己用R包来转换成表达矩阵。
你知道从芯片到表达矩阵,中间到底经历了什么吗???

就是这4个步骤:
N,T,B,Q(normalization,transformation,backgroud correction,qulity control)
只是大部分情况下,都是被一个成功的R包包装成了一个函数!

N,T,B,Q(normalization,transformation,backgroud correction,qulity control).png
你会吗???




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你这个问题很复杂,需要打赏,请点击 http://www.bio-info-trainee.com/donate 进行打赏,谢谢
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发表于 2017-6-14 11:28:55 | 显示全部楼层
还不会,在学习中,可以举个例子吗?
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