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直接在线用TCGA的数据来做预后分析OncoLnc

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发表于 2017-2-16 16:30:54 | 显示全部楼层 |阅读模式
网站OncoLnc:http://www.oncolnc.org/
编程麻烦的地方主要在于数据的下载,整合,有了这个工具就省下很多时间啦。
主页极其简单,直接要求你输入基因名字,这里的名字既包括:mRNA,microRNA和lncRNA !
提交之后就显示在所有已有肿瘤的生存分析结果啦,然后自己点击感兴趣的再进去看看。
具体进入一个肿瘤数据里面就需要自定义分组了。

有人喜欢把基因表达量分成高表达低表达组,以median为界限。(推荐这个)
也有人喜欢用top 10% 和bottom 10%来分组。




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 楼主| 发表于 2017-2-16 16:56:33 | 显示全部楼层
而且非常容易就可以检验该网站的数据和生存分析做的是否是正确的:
比如选择: lower=50&upper=50&cancer=BRCA&gene_id=23466&raw=CBX6&species=mRNA
然后把两个数据拷贝成本地文件,用R自己分析一遍!
[AppleScript] 纯文本查看 复制代码
high_cbx6=read.table('high_cbx6.txt',stringsAsFactors = F,header = T)
low_cbx6=read.table('low_cbx6.txt',stringsAsFactors = F,header = T)
high_cbx6$group='high'
low_cbx6$group='low'
oncoLnc=rbind(high_cbx6,low_cbx6)
library(survival)
attach(oncoLnc);head(oncoLnc)
my.surv <- Surv(Days,Status =='Dead')    
kmfit1 <- survfit(my.surv~1)  
summary(kmfit1)
plot(kmfit1)   
kmfit2 <- survfit(my.surv~group)
plot(kmfit2,lty=c(1,3),col = c('red','blue'))
survdiff(my.surv~group)

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 楼主| 发表于 2017-2-26 17:27:39 | 显示全部楼层
顺铂(cisplatin)是常用化疗药,会进入细胞核与DNA结合,导致基因组损伤,进而引起细胞死亡。DNA修复通路是维持基因组稳定性的重要机制,但这套机制对顺铂引起的基因组损伤也可以进行修复,减少因基因组破坏导致的癌细胞死亡;同时顺铂引起的基因组变化被修复成了新的“突变”,增加了癌细胞进化出抗药性的可能性。我们的分析发现,在膀胱癌(BLCA)中,DDB1(损伤特异的DNA结合蛋白)的高表达预示着顺铂药物无效,从整体生存期来看DDB1的高表达也也预示着较差的预后。可以说DNA修复通路是癌症发生发展的双刃剑,DNA修复基因与顺铂药物响应的复杂关系有待深入研究。
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发表于 2017-4-1 01:09:15 | 显示全部楼层
可是如何确定lower percentile 和 upper percentile呢?
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发表于 2017-4-3 15:44:49 | 显示全部楼层
Jimmy 发表于 2017-2-16 16:56
而且非常容易就可以检验该网站的数据和生存分析做的是否是正确的:
比如选择: lower=50&upper=50&cancer=B ...

谢谢你的建议,这个数据库的作者还有一段视频介绍这个数据库的使用。但是我觉得这个方法弄出来的和其他数据库弄出来的不一样。
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