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除了官网manifest,还有什么芯片ID转换更权威的组织?

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发表于 2017-2-17 14:45:27 | 显示全部楼层 |阅读模式
芯片ID五花八门,一般人熟悉了就是affymetrix和illumina的表达芯片咯,探针转为基因这个需求太正常不过了。

最近我看到一个数据,它的探针ID很诡异,虽然说是HumanHT-12 v4.0 Gene Expression BeadChip  

但是探针ID是纯粹的数字,不是ILMN_3166687这样的ILMN加上数字,我百思不得其解,还是回过头来找到了官网!

https://support.illumina.com/arr ... _kit/downloads.html

算是给大家一个提醒吧
HumanHT-12 v4.0 Manifest File (BGX Format)ZIP (13 MB)
10/28/2014
HumanHT-12 v4.0 Manifest File (TXT Format)ZIP (13 MB)
05/23/2013
HumanHT-12 Sample Sheet (CSV Format)CSV (< 1 MB)
12/13/2013













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 楼主| 发表于 2017-2-17 14:46:40 | 显示全部楼层
其中HumanHT-12 v4.0 Manifest File (TXT Format)ZIP (13 MB)
05/23/2013 里面不仅仅有各种id,还包括这个探针的序列,染色体坐标,等等,非常详细。

其余的芯片,都是类似的思路。

打开该文件,很容易看到;
SymbolProtein_ProductProbe_IdArray_Address_Id
LOC342979XP_292820.6ILMN_16572356110274
LOC728492XP_001130874.1ILMN_16554442570463
UGT2B7XP_001128725.1ILMN_16791941190064
UGT2B7XP_001128725.1ILMN_17558975420450
CLEC12ANP_963919.1ILMN_17114536020544
LOC648054XP_942197.1ILMN_16567444150010
SCYL1BP1NP_689494.1ILMN_21213161400546
SCYL1BP1NP_689494.1ILMN_1761911830441
RGNEFXP_938042.2ILMN_18074674230026
RGNEFXP_938042.2ILMN_1652609450240
LOC643426XP_932869.1ILMN_17209443360368


说明是给我数据的人把探针ID搞错了,搞成了探针的地址ID了。
其实这当然算不上什么错误,可是会让新手很困惑,因为你去任何地方下载探针基因对应表格,都找不到这个数据,只能去官网了。
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GPL10558
比如GEO就只会记录ID和基因,不会记录探针的address。

这个时候,只有经验丰富的老司机才能解决问题了。

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