在线做基因富集分析-随便看看哈

Jimmy

Gene enrichment testing can also be performed using these excellent sites:

Enrich: http://amp.pharm.mssm.edu/Enrichr/

Webgestalt: http://bioinfo.vanderbilt.edu/webgestalt/login.php

秋叶麒麟

第二个在刚开始接触富集分析的时候常用，后来就变成自己写代码了。

Jimmy

秋叶麒麟 发表于 2016-9-9 16:14
第二个在刚开始接触富集分析的时候常用，后来就变成自己写代码了。

考虑到很多人还不是很擅长写代码，你可以把你以前常用的工具也推荐一下，O(∩_∩)O谢谢

babytong

Jimmy 发表于 2016-9-9 16:41
考虑到很多人还不是很擅长写代码，你可以把你以前常用的工具也推荐一下，O(∩_∩)O谢谢 ...

kegg maper : http://www.genome.jp/kegg/tool/map_pathway2.html
这是一个将基因富集到kegg通路的在线工具

sleep在床上

楼主又没有推荐植物的通路富集的软件或者在线工具，KEGG感觉太老了，注释的也不多。目前用了个Mapman
感觉好些但是也没有理想中的效果

Jimmy

sleep在床上 发表于 2016-9-29 10:48
楼主又没有推荐植物的通路富集的软件或者在线工具，KEGG感觉太老了，注释的也不多。目前用了个Mapman
感觉 ...

植物方面的研究我没有做过哦，好像有一个COG吧，http://www.biotrainee.com/thread-243-1-1.html

sleep在床上

感谢楼主，非常有帮助

旭日早升

webgestalt的2017网站在这里 http://www.webgestalt.org/option.php，而且可以使用GSEA的方法了。