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在线做基因富集分析-随便看看哈

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发表于 2016-9-3 11:14:12 | 显示全部楼层 |阅读模式
Gene enrichment testing can also be performed using these excellent sites:

Enrich: http://amp.pharm.mssm.edu/Enrichr/

Webgestalt: http://bioinfo.vanderbilt.edu/webgestalt/login.php



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你这个问题很复杂,需要打赏,请点击 http://www.bio-info-trainee.com/donate 进行打赏,谢谢
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发表于 2016-9-9 16:14:23 | 显示全部楼层
第二个在刚开始接触富集分析的时候常用,后来就变成自己写代码了。
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 楼主| 发表于 2016-9-9 16:41:35 | 显示全部楼层
秋叶麒麟 发表于 2016-9-9 16:14
第二个在刚开始接触富集分析的时候常用,后来就变成自己写代码了。

考虑到很多人还不是很擅长写代码,你可以把你以前常用的工具也推荐一下,O(∩_∩)O谢谢
你这个问题很复杂,需要打赏,请点击 http://www.bio-info-trainee.com/donate 进行打赏,谢谢
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发表于 2016-9-28 22:08:14 | 显示全部楼层
Jimmy 发表于 2016-9-9 16:41
考虑到很多人还不是很擅长写代码,你可以把你以前常用的工具也推荐一下,O(∩_∩)O谢谢 ...

kegg maper : http://www.genome.jp/kegg/tool/map_pathway2.html
这是一个将基因富集到kegg通路的在线工具
欢迎关注https://www.jianshu.com/u/4f5e357a6212
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发表于 2016-9-29 10:48:19 | 显示全部楼层
楼主又没有推荐植物的通路富集的软件或者在线工具,KEGG感觉太老了,注释的也不多。目前用了个Mapman
感觉好些但是也没有理想中的效果
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 楼主| 发表于 2016-9-29 10:54:26 | 显示全部楼层
sleep在床上 发表于 2016-9-29 10:48
楼主又没有推荐植物的通路富集的软件或者在线工具,KEGG感觉太老了,注释的也不多。目前用了个Mapman
感觉 ...

植物方面的研究我没有做过哦,好像有一个COG吧,http://www.biotrainee.com/thread-243-1-1.html
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发表于 2016-9-30 16:52:06 | 显示全部楼层
感谢楼主,非常有帮助
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发表于 2017-3-19 17:31:50 | 显示全部楼层
webgestalt的2017网站在这里 http://www.webgestalt.org/option.php,而且可以使用GSEA的方法了。
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