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三代测序建库-1

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发表于 2017-2-18 02:29:30 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 Mint 于 2017-2-18 02:29 编辑

每次拿到机器吐出来的毛数据,一分析心中总有几头羊驼要飞奔。然而,子非鱼焉知鱼之苦,可能亲自从头到尾做一遍,才可能真正理解数据 。想在此分享一下自己做三代测序的经历,感兴趣的, 接下去看吧。

测序系统: PacBio Sequel
通量:   ~5-10Gbper cell
SMRT cells: 1-16 per run
Movie lengths: 30 分钟-6小时

Sample preparation:
-SMRTbell Template Prep Kit
-DNA/Polymerase Binding Kit
-MagBead Kit
-AMPure PB Beads
-Loading Cleanup Beads

Instrument run:
-SMRT Cell 1M
-SMRT Cell oil
-Sequel Sequencing Kit

Data Analysis:
-SMRT Link
-SMRT Analysis

工作流程:
1.    Library construction
2.    Primer annealing and poly binding
3.    Loading
4.    Instruction run
5.    Primary analysis
6.    Secondary analysis

耗时:一周

未完待续...

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发表于 2017-2-18 12:03:23 | 显示全部楼层
建库都是你亲自做呀,赞!
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 楼主| 发表于 2017-2-18 22:10:13 | 显示全部楼层
嗯,坐久了站站,顺便证实一下你基因组里X是不是真污染
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发表于 2017-5-10 12:02:18 | 显示全部楼层
楼主,能不能推荐或者给一些三代测序的相关链接或是资料,我现在刚开始接触三代测序,对里面的一些基础的概念不是很清楚.......
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发表于 2017-6-19 13:07:05 | 显示全部楼层
Jimmy 发表于 2017-2-18 12:03
建库都是你亲自做呀,赞!

建库不自己建   所以要找谁建
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发表于 2017-6-21 11:25:23 | 显示全部楼层
坐等!!!!
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 楼主| 发表于 2017-7-20 22:36:03 | 显示全部楼层

谢谢围观,三代测序比较小众,以为没人看呢,等忙完手头活再更新
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 楼主| 发表于 2017-7-20 22:38:09 | 显示全部楼层
Martin 发表于 2017-5-10 12:02
楼主,能不能推荐或者给一些三代测序的相关链接或是资料,我现在刚开始接触三代测序,对里面的一些基础的概 ...

请给出关键词,比如测序,拼装,原理,等等。实操有疑问非常欢迎讨论
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发表于 2017-7-31 11:06:32 | 显示全部楼层
是用什么试剂做的,p6-c4吗,做的是全长转,还是基因组测序组装
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发表于 2017-8-11 15:08:57 | 显示全部楼层
Mint 发表于 2017-7-20 22:38
请给出关键词,比如测序,拼装,原理,等等。实操有疑问非常欢迎讨论

三代测序的拼装,原理知道些。
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