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affymetrix跟illumina芯片的raw data标准不一样

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发表于 2017-2-18 10:23:48 | 显示全部楼层 |阅读模式
我们都知道,芯片厂商就3家主要的:Affymetrix, Illumina and Agilent.
其中affymetrix是大家最熟悉的,包括它们的CEL文件,一大堆的R包(affy等等)可以直接读取,所以你们在GEO数据库可以看到大家发表文章的都会把CEL文件给上传。
但是illumina的IDAT文件却很少有人上传,因为它需要被illumina官方软件 GenomeStudio 处理成文本格式才能被R包( beadarray, lumi)读取。
但是,现在有了illuminaio,大家可以放心的上传IDAT文件啦!

Agilent那个垃圾,我就不说了。



上一篇:illumina芯片的raw signal intensity data from the *.idat files
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