用illumina的官方软件来处理它的基因型芯片数据-idat文件

Jimmy

前面我们说到，我从来没有用过它的软件： http://www.biotrainee.com/thread-877-1-1.html
GenomeStudio软件的下载地址是 https://support.illumina.com/arr ... udio/downloads.html
软件教程：https://www.illumina.com/techniq ... n/genomestudio.html

需要看视频教程才能理解：https://support.illumina.com/array/array_software/genomestudio/training.html

因为illumina公司的芯片种类繁多，处理每一种芯片方法都不太一样。比如基因型芯片：https://support.illumina.com/con ... g_data_analysis.pdf
根据说明书，就要下载一些必备的文件：
HumanOmni5Exome-4 v1.1 Manifest File (BPM Format)

BPM (793 MB)

07/15/2014

HumanOmni5Exome-4 v1.1 Manifest File (CSV format)

CSV (2 GB)

07/15/2014

HumanOmni5Exome-4 v1.1 LIMS Product Descriptor File (15037445 A)

XML (< 1 MB)

03/28/2013

HumanOmni5MExome-4 v1.1 A Cluster File

EGT (740 MB)

03/28/2013

当然，还要拿到我们待处理的IDAT格式的基因型芯片文件：我这里拿 https://www.encodeproject.org/experiments/ENCSR112SHO/ 下载IDAT文件 做测试哈。




想完整搞懂，特别复杂；https://support.illumina.com/con ... ide-11319113-01.pdf

而且即使你最后得到了：Genotype: AA,AB,BB,or NC (no call)还需要转换成基因型才能理解：https://www.jove.com/video/50683 ... typing-applications
这中间也挺麻烦的，如果你自学的话~

xotong

我们这里的老师一般使用GenomeStudio来做的。

sqsun

你好，我现在只有idat文件，能不能转化为基因表达数据？
如果能，能不能说一下详细过程，谢谢了

Jimmy

sqsun 发表于 2017-2-21 19:06
你好，我现在只有idat文件，能不能转化为基因表达数据？
如果能，能不能说一下详细过程，谢谢了
...

IDAT是数据格式，取决于你的芯片，如果是基因型芯片，怎么可能转换成表达数据呢？

Jimmy

xotong 发表于 2017-2-18 12:34
我们这里的老师一般使用GenomeStudio来做的。

不会编程的人，喜欢用公司提供的软件，也行对他们来说，公司直接给分析结果是最好的

lampirl

Jimmy 发表于 2017-2-22 11:44
不会编程的人，喜欢用公司提供的软件，也行对他们来说，公司直接给分析结果是最好的 ...

我已经读取了IDAT文件，接下来就蒙圈了，怎么变成表达量