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用illumina的官方软件来处理它的基因型芯片数据-idat文件

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发表于 2017-2-18 11:00:09 | 显示全部楼层 |阅读模式
前面我们说到,我从来没有用过它的软件: http://www.biotrainee.com/thread-877-1-1.html
GenomeStudio软件的下载地址是 https://support.illumina.com/arr ... udio/downloads.html
软件教程:https://www.illumina.com/techniq ... n/genomestudio.html

需要看视频教程才能理解:https://support.illumina.com/array/array_software/genomestudio/training.html

因为illumina公司的芯片种类繁多,处理每一种芯片方法都不太一样。比如基因型芯片:https://support.illumina.com/con ... g_data_analysis.pdf
根据说明书,就要下载一些必备的文件:
HumanOmni5Exome-4 v1.1 Manifest File (BPM Format)

BPM (793 MB)
07/15/2014


HumanOmni5Exome-4 v1.1 Manifest File (CSV format)

CSV (2 GB)
07/15/2014


HumanOmni5Exome-4 v1.1 LIMS Product Descriptor File (15037445 A)

XML (< 1 MB)
03/28/2013


HumanOmni5MExome-4 v1.1 A Cluster File

EGT (740 MB)
03/28/2013


当然,还要拿到我们待处理的IDAT格式的基因型芯片文件:
我这里拿 https://www.encodeproject.org/experiments/ENCSR112SHO/ 下载IDAT文件 做测试哈。




想完整搞懂,特别复杂;https://support.illumina.com/con ... ide-11319113-01.pdf

而且即使你最后得到了:Genotype: AA,AB,BB,or NC (no call)还需要转换成基因型才能理解:https://www.jove.com/video/50683 ... typing-applications
这中间也挺麻烦的,如果你自学的话~




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发表于 2017-2-18 12:34:44 | 显示全部楼层
我们这里的老师一般使用GenomeStudio来做的。
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发表于 2017-2-21 19:06:55 | 显示全部楼层
你好,我现在只有idat文件,能不能转化为基因表达数据?
如果能,能不能说一下详细过程,谢谢了
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 楼主| 发表于 2017-2-22 11:43:51 | 显示全部楼层
sqsun 发表于 2017-2-21 19:06
你好,我现在只有idat文件,能不能转化为基因表达数据?
如果能,能不能说一下详细过程,谢谢了
...

IDAT是数据格式,取决于你的芯片,如果是基因型芯片,怎么可能转换成表达数据呢?
你这个问题很复杂,需要打赏,请点击 http://www.bio-info-trainee.com/donate 进行打赏,谢谢
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 楼主| 发表于 2017-2-22 11:44:45 | 显示全部楼层
xotong 发表于 2017-2-18 12:34
我们这里的老师一般使用GenomeStudio来做的。

不会编程的人,喜欢用公司提供的软件,也行对他们来说,公司直接给分析结果是最好的
你这个问题很复杂,需要打赏,请点击 http://www.bio-info-trainee.com/donate 进行打赏,谢谢
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发表于 2017-9-1 00:16:47 | 显示全部楼层
Jimmy 发表于 2017-2-22 11:44
不会编程的人,喜欢用公司提供的软件,也行对他们来说,公司直接给分析结果是最好的 ...

我已经读取了IDAT文件,接下来就蒙圈了,怎么变成表达量
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