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[Other] Excel-坑你的基因名没商量!

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发表于 2017-2-18 13:33:23 | 显示全部楼层 |阅读模式
随意篡改20%的遗传学论文!

可就在今年8月份,三位科学家在《Genome Biology》期刊上发表论文,称他们发现20%的遗传学论文包含了Excel软件导致的基因名转换错误。他们对论文进行的扫描显示,科学文献中的基因名错误十分普遍,在默认设置下Excel软件会将基因的名字转换成日期或浮点数。

举例来说,基因名字SEPT2和MARCH1会被分别转换成2-Sep和1-Mar;标识符2310009E1被转换成浮点数2.31E+13。

虽然对三位科学家的发现也有质疑的声音,但大家不妨试一下,在Excel中输入MARCH1,然后敲回车,真得变成1-Mar了!Excel你要闹哪样,想把科学家辛辛苦苦写的论文都变成“日历”吗?难道你3月1日有约会?

摘要:三位科学家在《Genome Biology》期刊上发表论文,称他们发现20%的遗传学论文包含了MS Excel软件导致的基因名转换错误。他们对论文进行的扫描显示,科学文献中的基因名错误十分普遍,在默认设置下MS Excel软件会将基因的名字转换成日期或浮点数。举例来说,基因名字SEPT2 (Septin 2) 和MARCH1 [Membrane-Associated Ring Finger (C3HC4) 1, E3 Ubiquitin Protein Ligase] 会被分别转换成2-Sep和1-Mar;标识符2310009E1被转换成浮点数2.31E+13。



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发表于 2017-3-1 21:53:55 | 显示全部楼层
发现这样的问题,有解决的方案了吗
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发表于 2017-3-2 00:37:00 | 显示全部楼层
这个问题非常麻烦。而且一不注意就会出错。Excel是在打开文件或者输入的时候自动做的转换,即使你的文件是文本文件,或者用Linux程序生成的excel文件,你确保里面基因名字是对的,只要你用Excel打开,它就会进行转换。当你点保存的时候,这个转换就被保存了下来。我尝试了很多方法没有找到特别好的解决方案。我猜想如果有比较好的方案的话,早就应该被爆出来了吧。

我知道的解决方案是: 在你要输入基因名之前,或者从其他地方copy基因名到Excel之前,先右键,将对应的行,列或选中单元格设定单元格格式为文本(即所输入即所得),然后再输入或者粘贴。超级麻烦有没有。关键是一旦忘记,这个转换就执行了,而且貌似是不可逆转的。。

另外有些trick,如果频繁的使用Excel处理基因名,建议在把基因名用其他字符保护起来。比如在所有基因名后面都加上”|“或“;",在生成最终的Excel表格的时候,将这个符号去掉就好了(记得改单元格格式!!!)。
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发表于 2017-3-2 09:54:20 | 显示全部楼层
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发表于 2017-7-17 16:59:52 | 显示全部楼层
Gene name errors are widespread in the scientific literature
https://genomebiology.biomedcent ... 6/s13059-016-1044-7

Mistaken Identifiers: Gene name errors can be introduced inadvertently when using Excel in bioinformatics
http://bmcbioinformatics.biomedc ... 1186/1471-2105-5-80
你这个问题很复杂,需要打赏,请点击 http://www.bio-info-trainee.com/donate 进行打赏,谢谢
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