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[其他] 安装完rMATS软件之后,想测试下是否安装成功,提示pysam模....

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发表于 2017-2-18 16:47:10 | 显示全部楼层 |阅读模式
如题所示,用rMATS的testRun.sh ../STAR/hg19 测试是否安装成功,报错
Testing rMATS with BAM input files
Traceback (most recent call last):
  File "RNASeq-MATS.py", line 5, in <module>
    import re,os,sys,logging,time,datetime,pysam;
ImportError: No module named pysam

Testing MATS with FASTQ input files..
This step involves mapping to GTF and could take up to an hour..
Traceback (most recent call last):
  File "RNASeq-MATS.py", line 5, in <module>
    import re,os,sys,logging,time,datetime,pysam;
ImportError: No module named pysam
用的所里的公共资源软件,明明有pysam呀?加到了环境变量里并且source之后还是这个报错,求大神指导!谢谢!
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 楼主| 发表于 2017-2-21 11:12:06 | 显示全部楼层
pysam 的问题解决了。
原因是python的环境变量格式写错了。
>>> import pysam
>>> import pkg_resources
>>> pkg_resources.get_distribution("pysam").version
'0.10.0'
pysam没有问题。
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 楼主| 发表于 2017-2-21 11:13:36 | 显示全部楼层
本帖最后由 张翠勤 于 2017-2-21 11:15 编辑

export PATH=/software/centos6/python2.7.8/bin : $PATH
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发表于 2017-8-30 23:35:55 | 显示全部楼层
你好,请问遇到过运行到running MATS for SE. Using Junction Counts only 这一步,一直停留在这一步。然后呢就是我查看结果,发现 out_test4/temp/SEout_JC/rMATS_Result_P.txt这个里面有好多行表头就是没有正常的数值。找了两三天了,没找到原因在哪里,能请假一下你吗?有偿扣扣1075827662
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