Using ggplot2 for volcano plots

dr.tanboyu · 发表于 2017-2-19 20:03:22

如何用ggplot2 画火山图在volcano plot 中用到的数据有 log2FoldChange，pvalue值，如果要画的更细致的话，如标记gene，那么gene的信息也需要包括进来。
数据文件见附件，因为附件不支持.csv,txt的文件上传，所以就转成了xls文件。

res.xls (1.58 MB, 下载次数: 486)

各位自己读取xls的数据即可
# library(readxl) 去读取xls文件

首先可以画个简图看看效果

游客，如果您要查看本帖隐藏内容请回复

剩下的参数调整就自己去调整了，比如长宽比，去背景色、去网格……
更详细的代码见 bobby‘s blog https://www.tanboyu.com/post/2017/04/17/ggplot2%E7%94%BB%E7%81%AB%E5%B1%B1%E5%9B%BE/
最终效果：

anlan · 发表于 2017-2-19 22:26:28

瞧瞧看。。。。

Alex · 发表于 2017-2-20 12:42:44

我想请继续看图，谢谢

老舅妈沙特人 · 发表于 2017-2-23 14:53:37

回复了看看

西花厅1989 · 发表于 2017-2-23 23:43:05

想学习画图，希望交流学习

321wangke321 · 发表于 2017-2-24 13:44:58

学习一下

小布丁大 · 发表于 2017-2-25 15:52:39

看看哈

superniu · 发表于 2017-2-28 16:05:27

学习学习

Oscarwang · 发表于 2017-3-2 10:22:30

学习下........

sunqiangzai · 发表于 2017-3-15 16:49:51

自己画的总感觉很丑

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