搜索
查看: 7945|回复: 46

Using ggplot2 for volcano plots

[复制链接]

10

主题

19

帖子

198

积分

管理员

Rank: 9Rank: 9Rank: 9

积分
198
发表于 2017-2-19 20:03:22 | 显示全部楼层 |阅读模式
如何用ggplot2 画火山图在volcano plot 中 用到的数据有 log2FoldChange,pvalue值,如果要画的更细致的话,如标记gene,那么gene的信息也需要包括进来。
数据文件见附件,因为附件不支持.csv,txt的文件上传,所以就转成了xls文件。

各位自己读取xls的数据即可
# library(readxl) 去读取xls文件

首先可以画个简图看看效果
游客,如果您要查看本帖隐藏内容请回复

剩下的参数调整就自己去调整了,比如长宽比,去背景色、去网格……
更详细的代码见 bobby‘s blog https://www.tanboyu.com/ggplot2-for-volcano.html
最终效果:



本帖子中包含更多资源

您需要 登录 才可以下载或查看,没有帐号?立即注册

x



上一篇:生信技能树论坛版主全球火热招募ing
下一篇:MEME数据库检索时怎样编辑字母表?
回复

使用道具 举报

29

主题

131

帖子

1200

积分

金牌会员

Rank: 6Rank: 6

积分
1200
发表于 2017-2-19 22:26:28 | 显示全部楼层
瞧瞧看。。。。
回复

使用道具 举报

0

主题

7

帖子

465

积分

中级会员

Rank: 3Rank: 3

积分
465
发表于 2017-2-20 12:42:44 | 显示全部楼层
我想请继续看图,谢谢
回复 支持 反对

使用道具 举报

2

主题

10

帖子

75

积分

注册会员

Rank: 2

积分
75
发表于 2017-2-23 14:53:37 | 显示全部楼层
回复了看看
回复 支持 反对

使用道具 举报

1

主题

10

帖子

257

积分

中级会员

Rank: 3Rank: 3

积分
257
发表于 2017-2-23 23:43:05 | 显示全部楼层
想学习画图,希望交流学习
回复 支持 反对

使用道具 举报

0

主题

8

帖子

65

积分

注册会员

Rank: 2

积分
65
发表于 2017-2-24 13:44:58 | 显示全部楼层
学习一下
回复

使用道具 举报

0

主题

3

帖子

41

积分

新手上路

Rank: 1

积分
41
发表于 2017-2-25 15:52:39 | 显示全部楼层
看看哈
回复

使用道具 举报

0

主题

1

帖子

14

积分

新手上路

Rank: 1

积分
14
发表于 2017-2-28 16:05:27 | 显示全部楼层
学习学习
回复

使用道具 举报

3

主题

15

帖子

172

积分

注册会员

Rank: 2

积分
172
发表于 2017-3-2 10:22:30 | 显示全部楼层
学习下........
回复

使用道具 举报

0

主题

7

帖子

177

积分

注册会员

Rank: 2

积分
177
发表于 2017-3-15 16:49:51 | 显示全部楼层
自己画的总感觉很丑
回复 支持 反对

使用道具 举报

您需要登录后才可以回帖 登录 | 立即注册

本版积分规则

QQ|手机版|小黑屋|生信技能树    

GMT+8, 2018-11-16 22:50 , Processed in 0.047408 second(s), 26 queries .

Powered by Discuz! X3.2

© 2001-2013 Comsenz Inc.