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Using ggplot2 for volcano plots

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发表于 2017-2-19 20:03:22 | 显示全部楼层 |阅读模式
如何用ggplot2 画火山图在volcano plot 中 用到的数据有 log2FoldChange,pvalue值,如果要画的更细致的话,如标记gene,那么gene的信息也需要包括进来。
数据文件见附件,因为附件不支持.csv,txt的文件上传,所以就转成了xls文件。

各位自己读取xls的数据即可
# library(readxl) 去读取xls文件

首先可以画个简图看看效果
游客,如果您要查看本帖隐藏内容请回复

剩下的参数调整就自己去调整了,比如长宽比,去背景色、去网格……
更详细的代码见 bobby‘s blog https://www.tanboyu.com/ggplot2-for-volcano.html
最终效果:



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发表于 2017-2-19 22:26:28 | 显示全部楼层
瞧瞧看。。。。
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发表于 2017-2-20 12:42:44 | 显示全部楼层
我想请继续看图,谢谢
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发表于 2017-2-23 14:53:37 | 显示全部楼层
回复了看看
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发表于 2017-2-23 23:43:05 | 显示全部楼层
想学习画图,希望交流学习
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发表于 2017-2-24 13:44:58 | 显示全部楼层
学习一下
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发表于 2017-2-25 15:52:39 | 显示全部楼层
看看哈
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发表于 2017-2-28 16:05:27 | 显示全部楼层
学习学习
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发表于 2017-3-2 10:22:30 | 显示全部楼层
学习下........
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发表于 2017-3-15 16:49:51 | 显示全部楼层
自己画的总感觉很丑
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