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[其他] rMATS 报错:AttributeError: 'csamtools.AlignedRead' object has no attribut...

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发表于 2017-2-21 11:19:59 | 显示全部楼层 |阅读模式
python 版本 2.7.8

用rMATS 3.2.5 官网的manual 做测试

./testRun.sh ../STARindex/hg19

报错:
2017-02-20 23:27:56,047 error detail: Traceback (most recent call last):
  File "/software/rMATS.3.2.5/bin/processGTF.BAMs.py", line 294, in <module>
    mString = read.cigarstring; ## mapping string, 50M or aMbNcMdNeMfNgM format, CIGAR string
AttributeError: 'csamtools.AlignedRead' object has no attribute 'cigarstring'
2017-02-20 23:27:56,047 There is an exception in getting AS events
2017-02-20 23:27:56,047 Exception: <type 'exceptions.Exception'>
2017-02-20 23:27:56,047 Detail:


翻了rMATS的FAQ,和google group 有相关问题,没有解决方法呈现。

请走过路过的各位大神、仙女、帅哥们,有时间帮助下小弟啊( ⊙ o ⊙ )。。
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 楼主| 发表于 2017-2-22 17:47:49 | 显示全部楼层
问题解决了。

'csamtools’是pysam的一个函数,这里报错识别不了bam文件的cigar值。考虑到,bam文件是软件自带的,

应该不会有问题,就去翻rMATS的说明书,发现用pysam v0.9.1.4做的测试。


尝试换成了v0.9.1.4做测试。

出结果,不报错。



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