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基因组分析:共线性作图

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发表于 2017-2-21 19:27:19 | 显示全部楼层 |阅读模式
注:本文是生信媛微信公众号原创文章
作者:三土
原文链接:
https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI1MjU5MjMzNA==&mid=2247483779&idx=1&sn=6cae8db3f7e08ac8671a7a6f3ef22f72&chksm=e9e02822de97a134b000ef81285b30c74df4a39273e6e9baa3f1a058c876fcd7c24fb5d40ee0&scene=38&key=9a919d7bd226f9fda14b700d00f5234f5d30631a1e5b7464a7024aa6addd4c7a8c0a98caef3a0953b755f6e933b38a601388766a60a38c13a30221d17ea7c1c7a7bdb05f058fb3606021fcb6960aa2c6&ascene=0&uin=MjA1MzEwNzcwMg%3D%3D&devicetype=android-23&version=26050434&nettype=WIFI&abtest_cookie=AQABAAgAAQBGhh4AAAA%3D&pass_ticket=b2OZ3bwVKQX%2BSf8H5XU5deONOJ5V0hP9ypUMxL24AW%2B8Bkxsw7VOI3D%2FRrD81X1e&wx_header=1

        大家好,新的一年开始了,我们又见面了。不知道在过去的一年里你们有哪些成长和进步呢?从我毕业到工作这半年来,收获了很多,也经历了很多。希望在新的一年里,我能够陪伴大家一起成长,一起进步!
        年前,我写了一些基因组圈图的绘制方法,有不少小伙伴在后台向我咨询了一些细节问题,我会尽我所能为大家解答疑问。
言归正传,当我们逐渐掌握了基因组圈图的绘制方法之后(我假装你们都会画圈图了),我们似乎还是觉得不过瘾,因为我们经常可看到一些文献里面的圈图是将几个基因组放在一起,然后通过线条将基因组上的区域连接起来,比如下面这种:
        好了,这种图呢就是传说中的共线性作图。乍看上去还是挺复杂的,其实真正做起来比我们之前的方法更简单!是的,你都不需要写circos的配置文件,只需要输入几个命令就可以得到这个图!
        那么今天的主角就应该上场,这个软件就是——Sibelia (下载地址:https://sourceforge.net/projects/sibelia-bio/files/)当你下载并且解压之后,就可以使用这个软件啦!我们打开/bin目录,运行./Sibelia --help即可查看该软件的参数。当然如果你不想仔细去阅读软件的参数或者具体的步骤,你也可以直接打开/share/Sibelia/doc/examples目录下的例子,从而了解如何快速使用和掌握该软件。当然我还是建议大家把/share/Sibelia/doc下的文档仔细阅读一遍再去使用。
        那我们就按照案例的方法去试一试!比如在/share/Sibelia/doc/examples/Sibelia/Staphylococcus_aureus/目录下,我们打开Staphylococcus.fasta文件,我们可以看到该文件下有四个该菌的基因组序列,这时候我们按照README.txt里的方法运行:
Sibelia -s loose Staphylococcus.fasta
        这时候在该目录下会生成几个文件和目录:一个是对共线性block的描述文件blocks_coords.txt,还有就是对block覆盖度的统计文件coverage_report.txt,当然最重要的是生成了一个circos文件夹,我们打开circos文件夹,运行:

circos -conf circos.conf

即可得到下图:
我们在这里就可以清楚地看到不同菌株之间的共线性关系!

其实这都不是最厉害的,最厉害的是生成的d3_blocks_diagram.html文件,我们打开试试你就会发现:

通过选择不同的tension值,我们可以看到更详细的共线性关系!

今天对于该软件的介绍就到这里了,怎么样,是不是很容易?如果大家有任何问题都可以后台向我提问哦!谢谢大家!

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生信媛
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