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楼主: dr.tanboyu

R语言ggplot2画图系列——Pathway富集分析气泡图

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发表于 2017-6-3 16:49:27 | 显示全部楼层
好厉害的样子, 我要学学看
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发表于 2017-6-6 11:31:06 | 显示全部楼层
看看,好好学习一下
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发表于 2017-6-15 11:33:04 | 显示全部楼层
x2yline 发表于 2017-5-24 18:42
Rich factor数值越大表示富集程度越大。Rich factor=位于该pathway term下的差异表达基因数/位于该pathway ...

好的,谢谢
只是为什么还需要计算这样的一个值来代表富集程度呢
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发表于 2017-6-15 11:55:21 | 显示全部楼层
songjie123 发表于 2017-5-23 20:37
您现在会了pathway富集通路分析图了么?求助

[Bash shell] 纯文本查看 复制代码
library("ggplots")
ggplot(data, aes(x = xlab, y = description, size = p.adjust,fill=Gene.number)) +
          geom_point(shape = 21) +
          ggtitle("cluster2 GO enrichment") +
          labs(x = "-log10 (FDR)", y = "GO term")+  scale_fill_continuous(trans = 'reverse')+
        scale_radius(range=c(2,8))+theme(axis.text=element_text(size=12,face="bold"),axis.title=element_text(size=14,face="bold"))
        

#基本参数如上
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发表于 2017-6-15 13:51:15 | 显示全部楼层
初学者表示感谢
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发表于 2017-6-15 14:53:53 | 显示全部楼层
查看一下代码,学一下
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发表于 2017-6-15 15:40:07 | 显示全部楼层
library("ggplots")
ggplot(data, aes(x = rich, y = pathway, size = data[,4],colour=data[,3])) +
          geom_point(shape = 16) +
          ggtitle("KEGG pathway enrichment") +
          labs(x = "Rich factor", y = "KEGG pathway")+  scale_colour_continuous(name="-log10(Qvalue)",low="green",high="red")+
        scale_radius(range=c(2,8),name="Gene number")+theme(axis.text=element_text(size=12,face="bold"),axis.title=element_text(size=14,face="bold"))
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发表于 2017-6-16 11:56:50 | 显示全部楼层
很受用啊!
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发表于 2017-6-16 23:44:57 | 显示全部楼层
谢谢,希望能看懂
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发表于 2017-6-17 20:31:01 | 显示全部楼层
真的需要好好敲一下代码才行啊
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