R语言ggplot2画图系列——Pathway富集分析气泡图

lafibear

初学者表示感谢

hoptop

好厉害的样子， 我要学学看

cz1511021831

看看，好好学习一下

Gingel

x2yline 发表于 2017-5-24 18:42
Rich factor数值越大表示富集程度越大。Rich factor=位于该pathway term下的差异表达基因数/位于该pathway ...

好的，谢谢
只是为什么还需要计算这样的一个值来代表富集程度呢

Gingel

songjie123 发表于 2017-5-23 20:37
您现在会了pathway富集通路分析图了么？求助

[Bash shell] 纯文本查看 复制代码

library("ggplots")
ggplot(data, aes(x = xlab, y = description, size = p.adjust,fill=Gene.number)) +
          geom_point(shape = 21) +
          ggtitle("cluster2 GO enrichment") +
          labs(x = "-log10 (FDR)", y = "GO term")+  scale_fill_continuous(trans = 'reverse')+
        scale_radius(range=c(2,8))+theme(axis.text=element_text(size=12,face="bold"),axis.title=element_text(size=14,face="bold"))
        

#基本参数如上

panlinlin1982

初学者表示感谢

tss940504

查看一下代码，学一下

panlinlin1982

library("ggplots")
ggplot(data, aes(x = rich, y = pathway, size = data[,4],colour=data[,3])) +
          geom_point(shape = 16) +
          ggtitle("KEGG pathway enrichment") +
          labs(x = "Rich factor", y = "KEGG pathway")+  scale_colour_continuous(name="-log10(Qvalue)",low="green",high="red")+
        scale_radius(range=c(2,8),name="Gene number")+theme(axis.text=element_text(size=12,face="bold"),axis.title=element_text(size=14,face="bold"))

lionroc123

很受用啊！

chuankang17

谢谢，希望能看懂