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楼主: dr.tanboyu

R语言ggplot2画图系列——Pathway富集分析气泡图

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发表于 2017-7-7 13:55:03 | 显示全部楼层
学习了。
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发表于 2017-7-9 10:16:12 | 显示全部楼层
正在找资源,结果在这里看到了
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发表于 2017-7-11 10:03:32 | 显示全部楼层
好好学习一下
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发表于 2017-7-18 15:24:04 | 显示全部楼层
看看隐藏的是啥。
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发表于 2017-7-18 18:02:57 | 显示全部楼层
学习一下~
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发表于 2017-7-19 21:53:05 | 显示全部楼层
这个可以学习一下~
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发表于 2017-7-23 08:35:45 | 显示全部楼层
好好学~~
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发表于 2017-7-23 22:15:48 | 显示全部楼层
直接百度R语言pathway富集分析气泡图,有好几篇教程,自己重复了一下代码,发现做出来的图竟然一模一样
自己在百度找到的代码
library(ggplot2)
setwd("F://Rworkspace")
pathway<-read.table("pathway-data.tsv",header=T,sep="\t")
p<-ggplot(pathway,aes(richFactor,Pathway))
p<-p+geom_point()
p<-p+geom_point(aes(size=R0vsR3))
pbubble<-p+geom_point(aes(size=R0vsR3,color=-1*log10(Qvalue)))
pbubble<-pbubble+scale_colour_gradient(low="green",high="red")+
  labs(color=expression(-log[10](Qvalue)),size="Gene number",x="Rich factor",y="Pathway name",
       title="Top20 of pathway enrichment")+theme_bw()
pbubble
做出来的结果图
F://Rworkspace/Rplot3
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发表于 2017-7-27 14:11:43 | 显示全部楼层
之前在一般公司报告里看到过类似的图。认真学习一下!~
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发表于 2017-7-28 15:03:32 | 显示全部楼层
学习,最近在做富集分析,向大神学习
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