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[experiment] hapmapsnp6就存储着一堆hapmap计划包括的snp6芯片数据而已

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发表于 2017-2-22 15:15:16 | 显示全部楼层 |阅读模式
看过我们bioconductor中文社区系列文章的朋友都知道,bioconductor里面的包分成三种:
软件,注释,实验数据包
这个就是典型的数据包!
http://bioconductor.org/packages ... tml/hapmapsnp6.html
安装之后就是为了加载一些数据!

[AppleScript] 纯文本查看 复制代码
library(oligo)
library(hapmapsnp6)
data(crlmmResult)
the.path <- system.file("celFiles", package="hapmapsnp6")
cels <- list.celfiles(path=the.path, full.names=TRUE)
temporaryDir <- tempdir()
rawData <- read.celfiles(fullFilenames, tmpdir=temporaryDir)


可以看到里面的数据,还有包安装后自带的一些snp6芯片raw data文件,就是cel格式的芯片数据!
hapmap计划所有数据都可以在它的ftp网站下载,不要告诉我,找不到!
其中这个包自带的crlmmResult数据,是一个SnpSet对象,需要自己去搜索该用哪些函数来操作它,才能从这个数据对象里面 提取出自己想要的信息!

[AppleScript] 纯文本查看 复制代码
> crlmmResult
SnpSet (storageMode: lockedEnvironment)
assayData: 906600 features, 90 samples 
  element names: call, callProbability 
protocolData: none
phenoData
  sampleNames: NA06985_GW6_C.CEL.gz NA06991_GW6_C.CEL.gz ... NA12892_GW6_C.CEL.gz (90 total)
  varLabels: SNR gender batchQC
  varMetadata: labelDescription
featureData
  featureNames: SNP_A-2131660 SNP_A-1967418 ... SNP_A-8574011 (906600 total)
  fvarLabels: SNPQC spAA spAB spBB
  fvarMetadata: labelDescription
experimentData: use 'experimentData(object)'
Annotation: genomewidesnp6Crlmm 


当然,用help函数即可咯,help(SnpSet)
你这个问题很复杂,需要打赏,请点击 http://www.bio-info-trainee.com/donate 进行打赏,谢谢
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