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Kegg简介

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发表于 2017-2-22 17:50:55 | 显示全部楼层 |阅读模式
Kegg    The KEGG resource for deciphering the genome .(京都基因与基因组百科全书)
KEGG是一个整合了基因组、化学和系统功能信息的数据库。基因组信息存储GENES数据库里,包括完整和部分测序的基因组序列;更高级的功能信息存储在PATHWAY数据库里,包括图解的细胞生化过程如代谢、膜转运、信号传递、细胞周期,还包括同系保守的子通路等信息;KEGG的另一个数据库LIGAND,包含关于化学物质、酶分子、酶反应等信息。
Kegg automatic annotation server 简称KAAS自动注释服务简称。http://www.genome.jp/tools/kaas  提供一段蛋白(基因)序列。它自动在内部相似性比对,找到最相似的基因。并确定检索基因的KO号分类。然后找到这些基因所有代谢能路并以不同颜色标示这些基因。
KEGG建立了KEGG直系同源系统(theKEGG Orthology (KO)system),这个系统通过把分子网络的相关信息连接到基因组中,从而发展和促进了跨物种注释流程。·结果表明,KEGG被当做一个参考知识库,被广泛的用于基因组测序和其他高通量实验技术得到的大规模数据集的整合和解释中。除了保持对基础研究的支持,随着KEGG分子网络的一些小变化,KEGG正在朝着更加偏向于实际应用的方向发展,这些应用主要集中在整合人类疾病、药物和其他与健康相关的物质。
K+num (基因ID号,表示所有物种中具有相似结构或功能一类同源蛋白)
ko+num(一个特定生物路径)
M+num (模块名称)
C+num 化合物
E 酶名
R+num 反应名

RC+num 反应类型 RP+num(反应物质对)
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发表于 2017-3-6 21:28:32 | 显示全部楼层
等基础知识掌握后在来好好学习下
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