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如何定制自己的热图-heatmap3

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发表于 2017-2-23 13:42:32 | 显示全部楼层 |阅读模式
怎样让你的热图更有个性化,能满足自己数据的需要?我们可以借鉴这篇文章所做的在R包上改进了heatmap成heatmap3,有更多的颜色选择,可增加新的标签功能,允许用户自定义多个表型变量,并能根据给出的表型进行相关检验测试;另外对于聚类分析也提出了不同估算距离的方法。例子如下:

来源:https://www.hindawi.com/journals/bmri/2014/986048/fig1/

可以清晰的看到,综合显示样本的临床信息
就是推荐https://www.hindawi.com/journals/bmri/2014/986048/ 这个R包!






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发表于 2017-2-23 14:54:16 | 显示全部楼层
也可以去github找到这个画图代码,比较复杂:https://github.com/obigriffith/b ... eatmaps/heatmap.3.R
你这个问题很复杂,需要打赏,请点击 http://www.bio-info-trainee.com/donate 进行打赏,谢谢
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发表于 2017-2-23 23:50:55 | 显示全部楼层
怎么修改字体?各位有什么好建议吗?
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发表于 2017-2-24 09:51:18 | 显示全部楼层
大神,我想设置colsidecolors,让癌症和正常样本呈现两种颜色,,这个怎样设置啊
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发表于 2017-5-7 20:11:51 | 显示全部楼层
JackChen 发表于 2017-2-24 09:51
大神,我想设置colsidecolors,让癌症和正常样本呈现两种颜色,,这个怎样设置啊 ...

我看过别人用gplots包中heatmap.2函数画热图。首先通过对分组信息进行颜色标记,因为那个分组直接是重复的,直接用rep就可以,然后在参数colslidecol赋值成颜色标记,在热图的上边框就会出现样本分组信息颜色的图。但是分组是混乱无序的,我也不知道怎么办才好。
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发表于 2017-5-7 20:16:56 | 显示全部楼层
JackChen 发表于 2017-2-24 09:51
大神,我想设置colsidecolors,让癌症和正常样本呈现两种颜色,,这个怎样设置啊 ...

用的是ALL数据集
其中部分代码是这样的
color.map <- function(mol.biol) { if (mol.biol=="ALL1/AF4") "#FF0000" else "#0000FF" }
patientcolors <- unlist(lapply(esetSel$mol.bio, color.map))
heatmap.2(data, col=redgreen(75), scale="row", ColSideColors=patientcolors, key=TRUE, symkey=FALSE, density.info="none", trace="none", cexRow=0.5)
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发表于 2017-5-10 09:25:12 | 显示全部楼层
各位大神,请大家帮我看看,为什么我画不了热图?
(oma=c(3,3,3,5))
> heatmap.2(hmMat,col='greenred',trace="none",cexCol=1)
Error in heatmap.2(hmMat, col = "greenred", trace = "none", cexCol = 1) :
  没有"heatmap.2"这个函数
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发表于 2017-5-10 09:26:57 | 显示全部楼层
点点爱美丽168 发表于 2017-5-10 09:25
各位大神,请大家帮我看看,为什么我画不了热图?
(oma=c(3,3,3,5))
> heatmap.2(hmMat,col='greenred',tra ...

我已经安装了install.packages("ggplot2")这个包了,但是总是运行不了,请大家帮忙看看,谢谢
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发表于 2017-5-13 02:41:12 | 显示全部楼层
点点爱美丽168 发表于 2017-5-10 09:26
我已经安装了install.packages("ggplot2")这个包了,但是总是运行不了,请大家帮忙看看,谢谢 ...

你的r语言入门水平都没有?         heatmap.2是gplots包中的函数,ggplot2中的geomtile可以画热图的
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发表于 2017-5-23 10:46:42 | 显示全部楼层
渊梦无痕 发表于 2017-5-7 20:16
用的是ALL数据集
其中部分代码是这样的
color.map

恩恩,,,已经解决了,,谢谢大神
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