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2008年就有68种做富集分析的工具了!

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发表于 2017-2-23 15:27:48 | 显示全部楼层 |阅读模式
看到一篇2008的综述,Bioinformatics enrichment tools: paths toward the comprehensive functional analysis of large gene lists
明明是很简单的一个需求,居然还可以被反复写工具,发表!
本质上就是几个简单的统计学检验而已:Fisher’s exact; hypergeometic; binomial; chi-square

可以分成3类:
Class I: singular enrichment analysis (SEA)
Class II:gene set enrichment analysis (GSEA)
Class III: modular enrichment analysis (MEA)

一般水平的生信工程师,都可以轻轻松松自己写出这些算法,不需要用别人的工具!

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