BS-seq 分析流程初学1

zyworship

wly0410 发表于 2017-3-28 18:43
methylkit有自己一套分析流程，问什么要用extract数据？

嗯，现在遇到一个问题就是，我想分析所有甲基化位点，不仅仅是CpG 位点，还有CHH，CHG，这些context。但是我不知道怎么把这些全都放在一起分析。单纯的cat到一起？

zyworship

wly0410 发表于 2017-3-28 18:43
methylkit有自己一套分析流程，问什么要用extract数据？

现在我已经做了差异甲基化的分析，得到后缀是bgz的文件，不知道怎么打开，也不知道怎么去注释这些DMR。您知道怎么做吗？

wly0410

应该是分别看吧，bgz可以直接打开，注释可以用methylkit，或者自己下载gtf写脚本注释，推荐methylkit

zyworship

wly0410 发表于 2017-3-30 22:38
应该是分别看吧，bgz可以直接打开，注释可以用methylkit，或者自己下载gtf写脚本注释，推荐methylkit ...

我在做tileMethylCounts的时候总是报错，查询了好几次了不知道那里出问题了。
> file.list=list("HLiver_CpG.txt","LLiver_CpG.txt")
> methylRawList = methRead(file.list,sample.id=list("HLiver","LLiver"),assembly="napar",treatment=c(1,0))
>tiled=tileMethylCounts(object=methylRawList,win.size=1000,step.size=1000,cov.bases=1,mc.cores=2)

然后报错就Error in (function (cl, name, valueClass)  :
  assignment of an object of class “NULL” is not valid for @‘NAMES’ in an object of class “IRanges”; is(value, "characterORNULL") is not TRUE
不知道问题出在哪里了。您知道么？

W.Peng

bismark 比对的时候有个参数 --non_directional ，指的是非链特异性，不是很明白什么意思，全基因组甲基化（重亚硫酸盐处理）文库需要这个选项吗？我看有个protocol说明里面也是WGBS测序用了这个选项，但是同时说用链特异性也行，你知道这个参数到底是怎么确定的吗？

W.Peng

我查了一些资料，选项 --non_directional 或者是默认的 --directional 是针对文库构建过程中非甲基化的 C 碱基的处理方式，貌似常规的全基因组重亚硫酸盐处理的建库方法是 directional 的。 以后都用PacBio 的方法测序时，可以直接通过碱基合成速度来判断 C 是否发生了甲基化，就不会考虑 directional 的问题了

wly0410

这个还真没注意，一般都用默认参数，除非建库的时候有特殊要求吧。这个 “IRanges”感觉可能和 “IRanges”的版本有关

zyworship

wly0410 发表于 2017-4-29 15:26
这个还真没注意，一般都用默认参数，除非建库的时候有特殊要求吧。这个 “IRanges”感觉可能和 “IRanges” ...

大神，在问个问题，scaffold1       3       -       0       0       CHH     CTA
scaffold1       5       -       0       1       CHH     CTC
scaffold1       7       -       0       2       CHH     CTC
scaffold1       11      +       0       0       CHH     CAA
scaffold1       15      -       0       2       CHH     CTT
scaffold1       19      +       0       0       CHH     CAT
scaffold1       23      -       0       2       CHH     CAA
scaffold1       26      -       0       0       CHH     CAA
scaffold1       32      +       0       2       CHH     CAT
scaffold1       36      -       0       2       CHH     CAA
我的到这个数据了，分别是chr， 位点， 正反链，methylated coverage， unmethylated coverage，我想算单个某一个位点的是否发生了，甲基化，我看好像是要算二项分布，但是我不知道怎么用这几个数字算出来二项分布。来区分是否发生了甲基化

生信小小菜鸟

想请教一下，甲基化数据一定要trimmomatic吗？如果数据还可以，应该不用吧？数据的质量也可以用fastqc来查看吗？

西花厅1989

生信小小菜鸟 发表于 2017-11-20 10:03
想请教一下，甲基化数据一定要trimmomatic吗？如果数据还可以，应该不用吧？数据的质量也可以用fastqc来查 ...

我都会除去一下，Trim Galore 软件也可以。甲基化数据也是可以用fastqc来查看的，就是C 的含量和非甲基化测序不同。