BS-seq 分析流程初学1

生信小小菜鸟

西花厅1989 发表于 2017-12-19 20:53
我都会除去一下，Trim Galore 软件也可以。甲基化数据也是可以用fastqc来查看的，就是C 的含量和非甲基化 ...

最近又发现一个问题，就是我在跑bismark这步的时候，生成的两个文件，一个是bam，一个是report.txt,这个bam文件名是 SRR179846_1_bismark，我想问的就是生成的文件这个_1_是指的输出了SRR179846双端数据中的一端吗？还是只是名字这样而已，因为我做了两套数据，一套单端，一套双端，发现生成的文件名不一样。

西花厅1989

生信小小菜鸟 发表于 2018-1-15 11:05
最近又发现一个问题，就是我在跑bismark这步的时候，生成的两个文件，一个是bam，一个是report.txt,这个b ...

只是一个名字

赌书斗茶6

zyworship 发表于 2017-3-23 11:51
楼主分析到那一步了？我现在已经完成map了，Bismark_methylation_extact也已经做完了，在研究怎么用methylK ...

请问您的问题解决了么？想用extract文件做后续分析，但是找不到方法，真是快急死了。。。。

zyworship

赌书斗茶6 发表于 2018-4-4 15:29
请问您的问题解决了么？想用extract文件做后续分析，但是找不到方法，真是快急死了。。。。 ...

找到了，算DMR，用methylkit，但是我还没有跑通整个流程，也是捉急