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楼主: 西花厅1989

[WGBS] BS-seq 分析流程初学1

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发表于 2018-1-15 11:05:02 | 显示全部楼层
西花厅1989 发表于 2017-12-19 20:53
我都会除去一下,Trim Galore 软件也可以。甲基化数据也是可以用fastqc来查看的,就是C 的含量和非甲基化 ...

最近又发现一个问题,就是我在跑bismark这步的时候,生成的两个文件,一个是bam,一个是report.txt,这个bam文件名是 SRR179846_1_bismark,我想问的就是生成的文件这个_1_是指的输出了SRR179846双端数据中的一端吗?还是只是名字这样而已,因为我做了两套数据,一套单端,一套双端,发现生成的文件名不一样。
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 楼主| 发表于 2018-1-17 19:49:12 | 显示全部楼层
生信小小菜鸟 发表于 2018-1-15 11:05
最近又发现一个问题,就是我在跑bismark这步的时候,生成的两个文件,一个是bam,一个是report.txt,这个b ...

只是一个名字
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发表于 2018-4-4 15:29:14 | 显示全部楼层
zyworship 发表于 2017-3-23 11:51
楼主分析到那一步了?我现在已经完成map了,Bismark_methylation_extact也已经做完了,在研究怎么用methylK ...

请问您的问题解决了么?想用extract文件做后续分析,但是找不到方法,真是快急死了。。。。
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发表于 2018-7-1 14:34:48 | 显示全部楼层
赌书斗茶6 发表于 2018-4-4 15:29
请问您的问题解决了么?想用extract文件做后续分析,但是找不到方法,真是快急死了。。。。 ...

找到了,算DMR,用methylkit,但是我还没有跑通整个流程,也是捉急
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