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用The Cancer Immunome Atlas来查看癌症样本里面的免疫细胞比例

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发表于 2017-2-24 17:05:14 | 显示全部楼层 |阅读模式
网站是:https://tcia.at/home
是TCGA的数据挖掘大文章类型,非常赞!他们开发了一个软件算法来从细胞群里里面区分各种免疫细胞,就是根据一些表达的signature
工具是:Immunophenogram

The Cancer Immunome Database (TCIA) provides results of comprehensive immunogenomic analyses of next generation sequencing data (NGS) data for 20 solid cancers from The Cancer Genome Atlas (TCGA) and other datasources.
所以就用他们的算法把TCGA的20种癌症样本的所有数据全部处理了,用户只需要查询即可!


非常赞,希望用过的用户在下面留言一些反馈!
或者使用技巧!
或者生物学想法!

这可是2017年的文章,最新的!~
References:
  • Charoentong, P., Finotello, F., Angelova, M., Mayer, C., Efremova, M., Rieder, D., Hackl, H., Trajanoski, Z. (2016). Pan-cancer Immunogenomic Analyses Reveal Genotype-Immunophenotype Relationships and Predictors of Response to Checkpoint Blockade. Cell Rep. 2017. 18:248-262
  • Hakimi, A.A. et al. An Integrated Metabolic Atlas of Clear Cell Renal Cell Carcinoma. Cancer Cell 29, 104-16 (2016)

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