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[variation-calling] sam/bam文件中找SNV的序列信息

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发表于 2017-2-25 17:31:04 | 显示全部楼层 |阅读模式
大家好,
我想在bam文件(pair end)中寻找特定位置(精确到点)的SNP突变,然后把这些突变的序列信息输出来,
请问怎么通过脚本来实现?
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发表于 2017-2-25 18:03:19 | 显示全部楼层
这个太简单了,你先说说你的思路,我看看你是如何思考的,再考虑一下是不是有必要回答你
你这个问题很复杂,需要打赏,请点击 http://www.bio-info-trainee.com/donate 进行打赏,谢谢
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 楼主| 发表于 2017-2-25 18:31:13 | 显示全部楼层
Jimmy 发表于 2017-2-25 18:03
这个太简单了,你先说说你的思路,我看看你是如何思考的,再考虑一下是不是有必要回答你 ...

根据比对的起始位点,然后找到特定位置的碱基,看那个碱基是否发生突变,然后再输出来
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发表于 2017-2-25 19:03:03 | 显示全部楼层
liuwei 发表于 2017-2-25 18:31
根据比对的起始位点,然后找到特定位置的碱基,看那个碱基是否发生突变,然后再输出来 ...

既然,都有了思路了,就直接写程序呗,无法就是比较几个坐标而已!
你可以先把你指定的SNV坐标附件区间的reads输出,用samtools -r 功能,然后写程序探究坐标!
你这个问题很复杂,需要打赏,请点击 http://www.bio-info-trainee.com/donate 进行打赏,谢谢
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 楼主| 发表于 2017-2-25 19:09:07 | 显示全部楼层
Jimmy 发表于 2017-2-25 19:03
既然,都有了思路了,就直接写程序呗,无法就是比较几个坐标而已!
你可以先把你指定的SNV坐标附件区间的 ...

谢谢Jimmy哥,刚才你一问我好像就想明白了,大爱这个论坛
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