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同一个基因的不同转录本表达量完全不一样-需要特别关注

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发表于 2017-2-25 22:40:19 | 显示全部楼层 |阅读模式
即使是同一个基因,它的不同转录本在样本中的表达量是完全不一样的。例如图中FOXM1的不同转录本FOXM1a、FOXM1b和FOXM1c在Pan-cancer人群中的表达是有很大差异的,在恒定差异表达基因中要慎重,因为差异表达基因的转录本即成熟mRNA才是它们真正行使功能判断的标准。

FOXM1a不同转录本

FOXM1a不同转录本



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发表于 2017-2-27 21:48:59 | 显示全部楼层
你好! 你提的这个问题很有意思。一个基因可能对应着多个转录本,但不是每个转录本最后都会发挥效应,这有很多原因,比如转录后调控,siRNA分子通过RNA干扰机制降解目标RNA等,这都是有可能的。我有两个小问题想请教一下你:1.转录组用的基因注释貌似都是gene-name,你是如何判断表达量数据里面是多个转录本的呢 ?  或者说如何把该基因对应的转录本表达量分离出来的呢?     2.有点小白了:你如何判断哪个转录本才是最后的成熟体呢?
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