小白生信学习记4：Linux系统下，RNAseq分析软件的安装

生信媛

注：本文是生信媛微信公众号原创文章

作者：生物女博士
原文链接：http://mp.weixin.qq.com/s/0483a6zdKPerDINluCRxXg



前面介绍了转录组的基本知识以及简单的linux命令，今天开始正式的上机练习，今天先介绍软件的安装。

一、 linux基本操作。

到主目录下，cd表示进入某个目录，~表示主目录

cd ~

查看当前所在位置的路径

pwd

查看目录

ls
ls -l
ls -al

新建一个目录名为software

mkdir software

进入这个software，并查看所在位置

cd software
pwd

新建一个名为abc.txt的文件

touch abc.txt
ls

修改abc.txt的名字为xyz.py

mv abc.txt xyz.py
ls

在linux下，后缀名是可以不用太在意的。你写进去的东西，不会因为后缀名修改而修改。

举个例子

touch example.txt
echo "this is a test" > example.txt
more example.txt

输出结果是：
this is a test

mv example.txt example
more example

输出结果还是：
this is a test

在这里，我们用echo这个命令把this is a test这句话放到了example.txt中，用>指令覆盖文件原内容，并重新输入内容。若文件不存在则创建文件。举例来说：

echo "this" > example

会发现，原先的内容this is a test被覆盖了为this了

如果不想覆盖，只是想在后面加一些内容怎么办？使用">>"追加

echo "this is a test" >> example
more

输出结果是
this
this is a test

这几个文件都是没用的。我们删除

rm *

*在这里是一个通配符。rm * 是把当前目录所有文件删除。但是rm删除非空文件夹的时候需要使用rm -r来进行

更详细的使用，可以通过命令rm --help查看具体使用。



可以看到加上-r意味着把整个文件夹里的子文件夹和文件全部删除。

二、软件安装
（1）FastQC
确认我们现在在~/software下

pwd

先来下载fastqc这个软件：

curl -O http://www.bioinformatics.babrah ... /fastqc_v0.11.5.zip

curl 的用法网上有很多的中文版本。你也可以输入curl --help或者curl --manual来在linux下查看帮助文档。

如果遇到下载问题，可以直接到网上先下载到本地电脑，再用我们在《小白生信学习记2》中介绍的软件，传到服务器上。

zip格式的文件可以用unzip来解压：

unzip fastqc_v0.11.5.zip

怎么知道如何安装与使用？
http://www.bioinformatics.bbsrc. ... ownload.html#fastqc

大家可以进去看看相关信息。一般官网或者解压后的下载包里都会有相关指南。

由于FastQC是用java编写的。所以其使用需要服务器上安装了java

java -version

如果提示java版本即可以。

根据说明书，我们安装如下：

cd FastQC/
ls -l

chmod +x fastqc

上面这条  chmod +x  命令是使得fastqc变为可执行的命令

为了使得我们无论在哪个路径下都能使用这个软件，我们必须进行一些设置：

• 可以把这个命令所在的目录路径，加到~/.bashrc（Linux）或者~./profile（Mac）中：
  
  
  

# On the Mac:

echo export PATH=$PATH:~/software/FastQC >> ~/.profile

source ~/.profile

fastqc -h

# On Linux:

echo export PATH=$PATH:~/software/FastQC >> ~/.bashrc

source ~/.bashrc

fastqc -h

  2. 建一个类似windows下的快捷方式的软连接（shortcut）

mkdir -p ~/bin

# 把fastqc的"shortcut" 放到 ~/bin

ln -s ~/software/FastQC/fastqc ~/bin/fastqc

# Mac:

echo 'export PATH=~/binPATH' >> ~/.profile

source ~/.profile
fastqc -h

# Linux ：

echo 'export PATH=~/binPATH' >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc
fastqc -h

3.其他：比如用alias命令，等下会使用到

这样，在bin目录下的程序，我们在服务器账号里任何一个位置都可以直接使用了。
我们来试一下：

mkdir seq

把我提供的fastq文件放入此文件夹

fastqc SRR1553610_1.fastq

过一小段时间，会出现2个文件。SRR1553610_1_fastqc.html和SRR1553610_1_fastqc.zip。这两个文件可以导出到本地电脑去打开查看。
另外，fastqc是有windows版本的。

如果有多个fastq在该目录下，想一次性全部用fastqc查看一下测序质量，可以这么操作

fastqc *.fastq

（2）trimmomatic
# trimmomatic说明书地址
http://www.usadellab.org/cms/index.php?page=trimmomatic

curl -O http://www.usadellab.org/cms/uploads/supplementary/Trimmomatic/Trimmomatic-0.36.zip
unzip Trimmomatic-0.36.zip
cd Trimmomatic-0.36

官网给出的用法如下：

需要输入  java -jar trimmomatic-0.36.jar  一长串才能用起来，有点麻烦，我们可以写一个小脚本来使得这个使用变得简单些：

下面命令的$@ 表示的是把所有的参数都传递给程序

echo '#!/bin/bash' > ~/bin/trimmomatic
echo 'java -jar ~/software/Trimmomatic-0.36/trimmomatic-0.36.jar $@' >> ~/bin/trimmomatic
chmod +x ~/bin/trimmomatic
trimmomatic

此时发现会弹出来说明



或者我们也可以直接用vi来编辑trimmomatic这个文档（如果没有这个文件，则会自动新建这个名字的文件）：

vi ~/bin/trimmomatic

此时会看到我们刚才输进去的

#!/bin/bash
java -jar ~/software/Trimmomatic-0.36/trimmomatic-0.36.jar $@

这两句文字。

按下键盘上的   i   键，即切换进如“插入”模式，此时可以改写里面的内容。
如果想退出，先按下  esc  键，假设如下3种情况：
1、做出了更改需要保存：输入    :wq    即可保存并退出。
2、没有更改： :q  即退出
3、更改了不想保存：:q!
vi还有其他用法，这里不一一介绍了。

写好trimmomatic文件后，跟上面一样

chmod +x ~/bin/trimmomatic
trimmomatic

这里还可以用alias的方法来简化用法：

echo "alias trimmomatic='java -jar ~/software/Trimmomatic-0.36/trimmomatic-0.36.jar'" >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc

即可。

当然，你也可以用vi来编辑~/.bashrc或者~/.profile文件。

好了，今天先写到这里。给大家留下HISAT2和HTSeq自己尝试一下跟着官方提供的说明书来安装一下吧。

今天的内容很多改写自这个课程：http://www.personal.psu.edu/iua1/courses/code-repository-2014.html
这个课程我觉得是完整和详细的（虽然有少量的细节错误），强烈推荐大家可以跟着操作和练习一下！
所需上机文件链接: https://pan.baidu.com/s/1bpw1wBl 密码: axk2

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生信媛
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hello，我用trimmomatic的时候，它能过滤掉我一半左右的数据，这正常吗？