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MiTranscriptome-挖掘癌症相关的lncRNA

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发表于 2017-3-1 16:38:35 | 显示全部楼层 |阅读模式
网址是:www.mitranscriptome.org
其实有一点过时了。

MiTranscriptome是由密歇根大学的临床病理中心卫生系统(Michigan Center for Translational Pathology at the University of Michigan Health System)的相关专家设计开发的。
MiTranscriptome收录了来源于6,500多个不同的癌症和组织类型样本的高通量RNA-seq数据,经过计算学分析得到的带Ploy(A)尾的RNA转录本。整个记录包括了91,000多个基因,它们中的大部分是之前没有注释过的长链RNAs。基因表达分析的结果显示,它们中的大部分具有肿瘤特异性和谱系特异性。此项目的目标是是让科学界更详细地研究这些奇妙的转录本。

平台开发者利用了大量数据资源,主要包括25个独立的数据集,数据量大于43Tb:其中有5,847个来自于TCGA;928个来自于Michigan Center for Translational Pathology (MCTP);67个来自于from the Encyclopedia of DNA Elements (ENCODE)以及414个来自于其它公开的数据集。
MiTranscriptome共有7,256个Poly(A)的RNA-seq文库。


MiTranscriptome是一种可视化的平台,为每个lncRNA提供了12类信息:名称、定位、有无注释(UCSC、RefSeq或者GENCODE 19)、是否位于基因间区、类型(transcript of unknown coding potential (TUCP或lncRNA)、是否有超保守区域、与癌症或者谱系相关性、27种组织类型、过表达或低表达、FPKM值等信息。






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