MiTranscriptome-挖掘癌症相关的lncRNA

ydchen

网址是：www.mitranscriptome.org
其实有一点过时了。

MiTranscriptome是由密歇根大学的临床病理中心卫生系统（Michigan Center for Translational Pathology at the University of Michigan Health System）的相关专家设计开发的。
MiTranscriptome收录了来源于6,500多个不同的癌症和组织类型样本的高通量RNA-seq数据，经过计算学分析得到的带Ploy（A）尾的RNA转录本。整个记录包括了91,000多个基因，它们中的大部分是之前没有注释过的长链RNAs。基因表达分析的结果显示，它们中的大部分具有肿瘤特异性和谱系特异性。此项目的目标是是让科学界更详细地研究这些奇妙的转录本。

平台开发者利用了大量数据资源，主要包括25个独立的数据集，数据量大于43Tb：其中有5,847个来自于TCGA；928个来自于Michigan Center for Translational Pathology （MCTP）；67个来自于from the Encyclopedia of DNA Elements （ENCODE）以及414个来自于其它公开的数据集。
MiTranscriptome共有7,256个Poly（A）的RNA-seq文库。


MiTranscriptome是一种可视化的平台，为每个lncRNA提供了12类信息：名称、定位、有无注释（UCSC、RefSeq或者GENCODE 19）、是否位于基因间区、类型（transcript of unknown coding potential （TUCP或lncRNA）、是否有超保守区域、与癌症或者谱系相关性、27种组织类型、过表达或低表达、FPKM值等信息。