搜索
查看: 1784|回复: 0

表达谱芯片报告内容有哪些?

[复制链接]

365

主题

512

帖子

1713

积分

管理员

Rank: 9Rank: 9Rank: 9

积分
1713
发表于 2017-3-1 16:41:13 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 ydchen 于 2017-3-1 16:42 编辑

表达谱芯片报告由实验数据、实验图像、实验文件和项目总结报告组成。实验数据文件夹包含了所有芯片的原始数据和分析数据以及详细的数据查看说明文件;实验图像文件夹包含了所有芯片的原始扫描图像,以及数据分析中的图像文件及详细的图片查看说明;实验文件文件夹包含了RNA质控报告,实验操作流程及常用软件;项目总结报告是这个项目的完整说明。
如下:
1.jpeg

从理论上讲,如果是单一的看一条基因的杂交控制,肯定是全长基因完整的杂交更具有特异性,但基因芯片技术是一种高通量技术手段,在一个体系内需要完成几万个基因的杂交反应,这时在考虑特异性的同时,还需要考虑同源基因竞争、杂交信号强度、Tm值区间大小等诸多问题。综合这些问题,专业技术人员通过大量的实验已经验证出,通过特定设计的60-70mer的Oligo探针完全可以在该体系内去特异性的代表一条基因(Nature Biotechnology • Volume19 • April 2001该文章的研究表明60mer寡核苷酸探针能达到最佳的检测特异性和灵敏度的平衡)。
公司在设计这种探针时通常采用如下原则:
1)尽可能在靠近3’端1.5Kb内设计探针(原因和RNA的标记方法有关);
2)探针设计在60-70个碱基长度能保持杂交特异性和杂交信号强度的平衡;
3)不同探针之间的Tm值相差不超过±5℃;
4)探针序列和其他基因同源性小于70%;
5)探针本身内部不能含有连续7个相同的碱基PolyN
聚类分析的方法已经被广泛的应用在基因芯片的数据分析中
。这种方法是把基因芯片上的每个基因看作一个独立的类,然后根据芯片多次产生的实验数据,计算出每两个基因之间的距离,把最为接近的两个基因合并,用一个新的类替换,该新类的值为此两基因的平均值,如此对其他基因作相同处理,然后用同样的方法进行下级处理,直至最终形成一个类,这样就能够使这些数据点形成一个家谱的树状结构,其中树枝的长度所表示的是两组数据的相似程度。因此进行聚类分析需要满足以下两个条件:
1
)至少有
5
对以上的样本有了芯片实验的数据,样本数量越大,得到的聚类关系越准确;
2
)进行聚类分析的样本应该有相同的对照样品。



[url=]做完表达谱芯片后,在众多的差异基因中如何确定后期研究目标?[/url]
一般情况下有几个原则可以参考:
1)单纯从数据角度而言,FC最大,P Value最小可为后期研究目标;
2)结合课题组的研究方向和进展,挑选自己研究相关的通路基因;
3)至少在一组样本中,基因具有一定的表达量,即标准化信号值大于8;
4)结合其他科研工作者的研究论文,排除已研究透彻基因。
[url=]技术重复是必须的吗?一般应重复几次?[/url]
为增强说服力,可以进行技术重复。技术重复是为了避免产品不稳定或技术平台不稳定从而对数据可靠性产生影响。理想的情况下,技术重复应达到3次。但对于重复性非常好的实验,并不一定需要每个样品都要重复3次,可以随机选择部分样品进行技术重复。但是目前商品化芯片都具有良好的可重复性,相关系数R2>0.95(MAQC计划),而且欧易生物通过了Agilent和Affymetrix两家公司的官方认证,保证了服务的准确性,一般情况下技术重复不是必须的,可以通过增加生物学重复的数量来提高结果的可靠性。
[url=]生物学重复是必须的吗?一般要重复几次?[/url]
是的。一般应该重复3次以上,具体情况需要根据具体实验来决定。样本数量越多对于统计筛选越有利,因为p value值与样本数量相关。







上一篇:人体内的细胞有多少种类?
下一篇:用TANRIC来探索癌症中lncRNA功能
回复

使用道具 举报

您需要登录后才可以回帖 登录 | 立即注册

本版积分规则

QQ|手机版|小黑屋|生信技能树 ( 粤ICP备15016384号  

GMT+8, 2019-11-17 09:03 , Processed in 0.040243 second(s), 28 queries .

Powered by Discuz! X3.2

© 2001-2013 Comsenz Inc.