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用TANRIC来探索癌症中lncRNA功能

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发表于 2017-3-1 16:46:34 | 显示全部楼层 |阅读模式
其实网页工具没有什么好讲的,就自己摸索好了:http://ibl.mdanderson.org/tanric/_design/basic/index.html


长链非编码RNAs(long noncoding RNAs,lncRNA)已经成为癌症生物学中的关键参与者。使用最新的大规模RNA-seq数据集,特别是那些来自癌症基因组地图集(The Cancer Genome Atlas,TCGA)的数据集,我们开发了“癌症非编码RNAs地图集”(TANRIC;http://bioinformatics.mdanderson.org/main/TANRIC:Overview),一个用户友好的,开放访问的网络资源以交互式探索癌症中的lncRNAs。它以20种癌症的大量患者队列中的lncRNAs表达谱为特征,包括TCGA和独立数据集(总共> 8000个样品)。TANRIC使得研究者能够在临床环境下快速且直观地分析感兴趣的lncRNAs(已注释的lncRNAs或任何用户定义的lncRNAs)和其他分子数据,包括肿瘤类型内或跨肿瘤类型。软件开发者使用TANRIC鉴定了大量具有潜在生物医学标记的lncRNAs,其中许多显示与以确立的治疗靶标和跨肿瘤类型的生物标记,或者跨细胞系的药物敏感性强烈相关。TANRIC代表了研究lncRNAs在癌症中的功能和临床相关性的一种有价值工具,极大地促进了lncRNA相关的生物学发现和临床应用。

平台开发者利用了大量数据资源,主要包括三类:
第一类:6309个病人样品,其中包括6083个原发肿瘤样品,226个转移肿瘤样品,样品涵盖20中TCGA肿瘤类型以及它们相关的564例费肿瘤组织样品。详细信息如下:
bladder urothelial carcinoma (BLCA),
brain lower grade glioma (LGG),
breast invasive carcinoma (BRCA),
cervical squamous cell carcinoma and endocervical adenocarcinoma (CESC),
colon adenocarcinoma (COAD),
cutaneous melanoma (SKCM),
glioblastoma multiforme (GBM),
head and neck squamous cell carcinoma (HNSC),
kidney chromophobe (KICH),
kidney renal clear cell carcinoma (KIRC),
kidney renal papillary cell carcinoma (KIRP),
liver hepatocellular carcinoma (LIHC),
lung adenocarcinoma (LUAD),
lung squamous cell carcinoma (LUSC),
ovarian serous cystadenocarcinoma (OV),
prostate adenocarcinoma (PRAD),
rectum adenocarcinoma (READ),
stomach adenocarcinoma (STAD),
thyroid carcinoma (THCA),
uterine corpus endometrioid carcinoma (UCEC).

第二类:癌细胞系百科全书(Cancer Cell Line Encyclopedia cell lines ,CCLE)

第三类:文献研究在的资源分别来自531个样品的RNA-seq数据,三种肿瘤类型为:
lung adenocarcinoma
clear-cell renal cell carcinoma
glioblastomas

TANRIC数据库已经在库的RNA-seq资源已经包括了8143个样品。

TANRIC一个交互式的数据分析和可视化的平台,三大类型的数据包括lncRNA注释信息,RNA-seq数据以及profling数据。分析类型主要由两种,一种是用户定义类分析,一种是平台预定义类分析。分析类型包括:lncRNA表达分析,基因组数据分析,临床数据分析。数据平台还包括了总结信息,可视化信息以及数据下载条目。





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