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把hg19基因组按照染色体切割

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发表于 2016-9-19 11:59:46 | 显示全部楼层 |阅读模式
因为hg19的fasta文件一般是所有的染色体和scaffold结合在一起,编写脚本把fasta文件切割成每一个染色体的fasta文件,且序列每一行长度为80~100之间的格式;


一个简单的perl程序涉及:变量的递归、正则表达匹配、文件输入输出等;



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发表于 2017-11-3 10:37:05 | 显示全部楼层
[Bash shell] 纯文本查看 复制代码
for i in `seq 1 22` X Y M
do
samtools faidx hg19.fa chr$i >chr$i.fa
done
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发表于 2017-11-3 13:20:18 | 显示全部楼层
猪兔子2号 发表于 2017-11-3 10:37
[mw_shl_code=bash,true]for i in `seq 1 22` X Y M
do
samtools faidx hg19.fa chr$i >chr$i.fa

O__O "…这个是编程题目,不是question
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 楼主| 发表于 2017-12-4 22:20:56 | 显示全部楼层
猪兔子2号 发表于 2017-11-3 10:37
[mw_shl_code=bash,true]for i in `seq 1 22` X Y M
do
samtools faidx hg19.fa chr$i >chr$i.fa

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