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取两文件相同标记及标记后内容

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发表于 2017-11-28 12:01:27 | 显示全部楼层 |阅读模式
不好意思,刚才发现发错版块了,再重发一遍吧!
各位老师大家好!我有两个文件,如图1和图2[img]file:///C:\Users\cui\AppData\Roaming\Tencent\Users\422574343\QQ\WinTemp\RichOle\I5H}Y)B4V1JIWLR[DPP9[{8.png[/img][img]file:///C:\Users\cui\AppData\Roaming\Tencent\Users\422574343\QQ\WinTemp\RichOle\I5H}Y)B4V1JIWLR[DPP9[{8.png[/img];统计图2中每个标记的变异位点,即星号数,并将统计所有位点的1个变异位点的标记总数目、2个变异位点的标记总数目、和3变异位点的标记总数目;同时根据图1中的标记把图2中的内容提取出来,提取内容包括标记名称和后续序列

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 楼主| 发表于 2017-11-28 15:16:19 | 显示全部楼层
提问题前实在应该好好学习一下以前的脚本,感谢jimmy

open FH, $ARGV[0];
while(<FH>){
    chomp;
    $_=">".$_ if $_ !~ /^>/;
    $h{$_}=1;
}
close FH;
open FH, $ARGV[1];
$sign=0;
while(<FH>){
        chomp;
        if(/^>/){
            @F=split;
            exists $h{$F[0]} ? ($sign=1) : ($sign=0);
        }
        print "$_\n" if $sign==1;
}
close FH;
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发表于 2017-12-7 21:50:12 | 显示全部楼层
二楼的代码只有提取工作吧,前面那个计算*号的代码呢???
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 楼主| 发表于 7 天前 | 显示全部楼层
生信小小菜鸟 发表于 2017-12-7 21:50
二楼的代码只有提取工作吧,前面那个计算*号的代码呢???

是的,二楼的只是提取工作,计算※号的要自己编一下代码
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