搜索
查看: 169|回复: 1

WGCNA阈值的选择

[复制链接]

1

主题

2

帖子

92

积分

注册会员

Rank: 2

积分
92
发表于 2017-12-4 23:31:47 | 显示全部楼层 |阅读模式
最近模仿别人的代码,跑了一下自己的数据,有几个问题比较迷惑,请教论坛里的朋友们:
(1)我用的是RNA-seq分析中的RPKM值进行WGCNA分析,此处需要对RPKM值进行标准化还是别的什么处理吗?
(2)看官方介绍,好像是建议直接将所有基因的表达值进行分析的,但是有些文章是筛选出了差异基因,然后对差异基因的RPKM值进行分析。需要预先筛选出差异基因吗?感觉WGCNA和DEG分析是两套独立的方法,而不是上下游流程。
(3)我对未筛选的所有基因和筛选过的差异基因分别进行了WGCNA分析。前者选择了软阈值3,后者根据下图,不知道怎么选了。是数据预处理有问题吗?

本帖子中包含更多资源

您需要 登录 才可以下载或查看,没有帐号?立即注册

x



上一篇:我想请问一下,clusterprofier产生的egobp,egocc这些怎么合并
下一篇:关于SNP芯片原始数据IDAT格式的文件处理
回复

使用道具 举报

29

主题

120

帖子

916

积分

高级会员

Rank: 4

积分
916
发表于 2017-12-6 12:27:22 | 显示全部楼层
比如你的代码是这样的:sft <- pickSoftThreshold(dataExpr, powerVector = powers)
那么你在R里面输出sft,列表的第一项值就是估计的最优值,也就是power值
回复 支持 反对

使用道具 举报

您需要登录后才可以回帖 登录 | 立即注册

本版积分规则

QQ|手机版|小黑屋|生信技能树    

GMT+8, 2017-12-18 18:56 , Processed in 0.112174 second(s), 26 queries .

Powered by Discuz! X3.2

© 2001-2013 Comsenz Inc.